结论：在不确定劳动关系的情况下，人社部门已经做出的工伤认定，仍然可以进行劳动仲裁，但需根据具体情况来处理。
分析说明：
工伤认定的前提与劳动仲裁的关系：
- 工伤认定通常是由人社部门根据相关法律法规，对职工在工作中因事故或职业病导致的伤害进行的一种官方认定。
- 劳动仲裁则是解决劳动争议的一种方式，包括确认劳动关系、追索劳动报酬、工伤赔偿等。
- 工伤认定并不完全依赖于劳动关系的明确确认，即使劳动关系存在争议，人社部门仍有可能根据现有证据做出工伤认定。
不确定劳动关系时的处理：
- 如果人社部门已经做出了工伤认定，但劳动关系存在争议，这并不影响工伤认定的有效性。
- 在这种情况下，劳动者或用人单位仍然可以通过劳动仲裁来确认劳动关系，或者就工伤赔偿等事宜进行仲裁。
- 劳动仲裁委员会会根据双方提供的证据和法律法规，对劳动关系和工伤赔偿等问题进行裁决。
劳动仲裁的流程与注意事项：
- 劳动者或用人单位在申请劳动仲裁时，需要提交相关证据，如工伤认定书、劳动合同、工资单等，以证明自己的主张。
- 如果劳动关系存在争议，仲裁委员会可能会要求双方提供更多证据，或者进行进一步的调查和取证。
- 在仲裁过程中，双方应积极配合仲裁委员会的工作，提供真实、完整的证据，以便仲裁委员会做出公正、合理的裁决。
特殊场景：
- 如果人社部门在做出工伤认定时，已经明确要求双方先确认劳动关系，那么在这种情况下，劳动者或用人单位需要先通过劳动仲裁或诉讼确认劳动关系，然后再根据工伤认定结果进行赔偿仲裁。
行动建议：
- 如果您已经获得了人社部门的工伤认定，但劳动关系存在争议，建议您及时咨询专业律师，了解具体的法律程序和策略。
- 在准备劳动仲裁时，务必收集并整理好相关证据，以便在仲裁过程中充分证明自己的主张。
- 保持与仲裁委员会的沟通，及时了解仲裁进展和结果，以便采取进一步的法律行动。
如果您在劳动工伤领域有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。