被立案调查期间扣发的十三个月工资，在一定条件下是可以补发的，但具体情况需根据扣发工资的原因、法律依据以及后续处理结果来综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、扣发工资的合法性分析
若扣发工资缺乏合法依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位不得无故克扣或拖欠劳动者的工资。如果扣发工资的行为没有合法的依据，如未经劳动者同意、未按照法定程序进行，或者扣发的金额超过了法定标准等，那么这种扣发行为就是违法的。
- 在此情况下，劳动者有权要求用人单位补发被扣发的工资，并可能要求用人单位支付相应的经济补偿或赔偿金。
若扣发工资有合法依据：
- 如果扣发工资是基于合法的理由，如劳动者违反了公司的规章制度、造成了经济损失等，并且这种扣发行为符合劳动合同或公司规章制度的规定，以及相关法律法规的要求，那么这种扣发行为可能是合法的。
- 但即便如此，如果扣发的金额超过了劳动者当月工资的20%，或者扣发后劳动者的工资低于当地最低工资标准，那么这种扣发行为仍然可能被视为违法，劳动者有权要求补发差额部分。
二、立案调查对工资补发的影响
- 立案调查本身并不直接决定工资是否可以补发，而是需要看调查的结果以及后续的处理决定。
- 如果调查结果显示用人单位扣发工资的行为违法，那么劳动者有权要求补发工资，并可能获得相应的经济补偿或赔偿金。
- 如果调查结果显示用人单位扣发工资的行为合法，或者劳动者存在过错导致工资被扣发，那么劳动者可能无法要求补发全部或部分工资。
三、补发工资的具体操作
与用人单位协商：
- 劳动者可以首先尝试与用人单位进行协商，要求补发被扣发的工资。在协商过程中，劳动者可以提供相关的证据和法律依据，以支持自己的主张。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁。在仲裁过程中，劳动者需要提交相关的证据和材料，以证明用人单位扣发工资的行为违法或不当。
- 劳动仲裁机构将根据事实和法律规定，作出裁决要求用人单位补发工资或支付相应的经济补偿或赔偿金。
提起诉讼：
- 如果劳动者对劳动仲裁结果不满意，或者用人单位不履行仲裁裁决，劳动者还可以向人民法院提起诉讼，要求用人单位补发工资并承担相应的法律责任。
四、建议与注意事项
- 保留证据：劳动者在主张补发工资时，应尽可能保留相关的证据和材料，如工资条、劳动合同、公司规章制度、扣发工资的通知等，以证明自己的主张。
- 及时行动：如果劳动者发现自己的工资被无故扣发，应及时采取行动，与用人单位协商或申请劳动仲裁，以避免超过法定的时效期限。
- 寻求专业帮助：在处理此类纠纷时，劳动者可以寻求专业律师的帮助，以更好地维护自己的合法权益。
综上所述，被立案调查期间扣发的十三个月工资是否可以补发，取决于扣发工资的合法性、立案调查的结果以及后续的处理决定。如果您面临此类问题，建议您及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。