关于电子商务公司被要求缴纳货架费是否合法的问题，这并非一个简单的“合法”或“不合法”的判断，而是需要结合具体情况和相关法律法规来综合分析。以下是我从不同角度为你提供的详细解答：
一、合同自由原则下的合法性
合同约定优先：在商业合作中，双方有权通过合同约定各自的权利和义务。如果电子商务公司与货架提供方（如平台、物流公司或第三方服务商）在合同中明确约定了货架费，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么缴纳货架费就是合法的。
合同内容审查：然而，这并不意味着所有合同中的货架费条款都是合法的。如果合同中的货架费条款存在显失公平、欺诈、胁迫等情形，或者违反了相关法律法规的强制性规定（如价格法、反不正当竞争法等），那么该条款可能被认定为无效，电子商务公司有权拒绝缴纳。
二、相关法律法规的考量
价格法：根据《中华人民共和国价格法》的规定，经营者定价应当遵循公平、合法和诚实信用的原则，定价依据应当合理。如果货架费的收取明显不合理，超出了市场正常水平，且没有合理的定价依据，那么可能涉嫌违反价格法。
反不正当竞争法：如果货架费的收取被用作排挤竞争对手、限制竞争的手段，或者构成了不正当竞争行为，那么根据《中华人民共和国反不正当竞争法》的规定，这种行为是不合法的。
电子商务法：对于电子商务平台而言，其收取的费用应当公开、透明，且不得滥用市场支配地位。如果平台利用市场支配地位强制电子商务公司缴纳货架费，或者收取的费用明显不合理，那么可能涉嫌违反电子商务法的相关规定。
三、实际操作中的建议
审查合同条款：电子商务公司在被要求缴纳货架费时，首先应当仔细审查合同条款，确认合同中是否有相关约定，以及该约定是否合法、合理。
了解市场行情：电子商务公司可以通过市场调研了解货架费的正常水平，以便判断所收取的费用是否合理。
协商与沟通：如果电子商务公司认为货架费不合理或存在争议，可以与货架提供方进行协商和沟通，寻求合理的解决方案。
寻求法律帮助：如果协商无果，电子商务公司可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结来说，电子商务公司被要求缴纳货架费是否合法，取决于合同约定、相关法律法规以及实际操作中的具体情况。如果你在这方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。