结论：殡仪馆实行不定时工作制但每天工作12小时是否合法，需结合具体情况判断，若未获得劳动行政部门批准或未保障劳动者休息权益，则不合法。以下从不同角度详细分析：

一、不定时工作制的合法性基础

不定时工作制是一种因工作性质或职责特点，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的工时制度。根据《劳动法》及相关规定，实行不定时工作制需经劳动行政部门批准，且仅适用于特定岗位，如高级管理人员、外勤人员、长途运输人员等。殡仪馆的部分岗位，如遗体接运、火化等，可能因工作性质适合不定时工作制，但必须履行审批程序。

二、每日工作12小时的合法性分析

1. 未获批准的不定时工作制：若殡仪馆未就相关岗位向劳动行政部门申请不定时工作制并获批准，则实行每日12小时工作制违反《劳动法》关于标准工作时间（每日8小时、每周40小时）的规定。此时，劳动者有权要求加班费或拒绝超时工作。

2. 已获批准的不定时工作制：即使获得批准，不定时工作制也不意味着劳动者需无限度工作。根据《劳动法》及《职工带薪年休假条例》，劳动者仍享有休息权、休假权及加班费请求权。若每日工作12小时导致劳动者休息不足或未支付加班费，仍属违法。具体而言：

   • 休息权：劳动者每日应至少享有连续24小时的休息时间，每周至少一日休息。若12小时工作制导致休息不足，用人单位需调整排班或支付加班费。
   • 加班费：不定时工作制下，工作日延长工作时间、休息日或法定节假日工作的，用人单位仍需按《劳动法》第四十四条支付加班费（分别为不低于工资的150%、200%、300%）。

三、实务建议

1. 对劳动者：

   • 核实单位是否就岗位申请并获不定时工作制批准（可通过劳动行政部门查询）。
   • 保留工作记录（如考勤表、排班表），若单位未支付加班费或未保障休息权，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 对用人单位：

   • 严格履行审批程序，确保岗位符合不定时工作制条件。
   • 制定合理排班制度，保障劳动者休息权，避免连续超时工作。
   • 依法支付加班费，避免劳动纠纷。

四、法律后果

若用人单位违法实行超时工作制，可能面临以下后果：

• 行政处罚：劳动行政部门可责令改正，并处以罚款（《劳动保障监察条例》第二十五条）。
• 民事赔偿：劳动者可要求支付加班费、经济补偿金等（《劳动合同法》第三十八条、第四十六条）。
• 信用惩戒：用人单位违法行为可能被纳入信用记录，影响其市场信誉。

总结：殡仪馆实行不定时工作制需以劳动行政部门批准为前提，且不得损害劳动者休息权。每日工作12小时是否合法，需结合审批情况及休息权益保障综合判断。若您遇到相关问题，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供专业法律意见。