贷款被第三方机构扣留质押金一般是不合法的，以下从不同角度为你详细分析：

合法性角度

从法律层面来看，贷款过程中，第三方机构扣留质押金缺乏明确的法律依据。贷款关系主要涉及贷款人（如银行等金融机构）和借款人，第三方机构通常没有权利在贷款交易中擅自扣留质押金。除非有明确的合同约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，但即便有合同约定，如果该约定显失公平或者存在欺诈、胁迫等情形，也可能被认定为无效。例如，在一些不正规的贷款中介服务中，中介机构以各种理由要求借款人缴纳质押金，声称用于保证借款人按时还款等，但这种做法往往没有合法依据，属于违规操作。

合同约定角度

如果贷款合同或者与第三方机构签订的相关协议中明确约定了第三方机构可以扣留质押金，并且该约定符合以下条件，那么这种扣留行为可能具有一定的合法性基础：

1. 双方自愿：借款人和第三方机构在平等、自愿的基础上达成协议，不存在欺诈、胁迫等情形。例如，借款人在充分了解协议内容后，自愿同意第三方机构扣留一定金额的质押金作为履约保证。
2. 内容合法：协议内容不违反法律法规的强制性规定和公序良俗。比如，质押金的金额合理，不能过高导致借款人负担过重；扣留质押金的目的合法，不能用于非法用途等。
3. 不损害第三方利益：协议的签订和履行不能损害国家、集体或者第三人的利益。

然而，在实际操作中，很多所谓的“合同约定”可能存在诸多问题。比如，第三方机构可能利用借款人对贷款流程不熟悉、急于获得贷款的心理，在合同中设置一些不合理的条款，强行要求扣留质押金。这种情况下，借款人可以主张该条款无效。

法律后果角度

如果第三方机构非法扣留质押金，借款人可以采取以下措施维护自己的合法权益：

1. 与第三方机构协商：首先可以尝试与第三方机构进行沟通，要求其退还非法扣留的质押金。在协商过程中，要注意保留好相关的证据，如合同、付款凭证、沟通记录等。
2. 向相关部门投诉：如果协商无果，借款人可以向相关的监管部门投诉，如金融监管部门、市场监督管理部门等。这些部门有权对第三方机构的违规行为进行调查和处理，并要求其退还质押金。
3. 提起诉讼：如果通过协商和投诉都无法解决问题，借款人可以向人民法院提起诉讼，要求第三方机构返还非法扣留的质押金，并承担相应的法律责任。在诉讼过程中，借款人需要提供充分的证据证明第三方机构的扣留行为违法以及自己的损失情况。

建议：在办理贷款过程中，要仔细阅读合同条款，特别是关于费用、质押金等方面的约定。如果对合同内容有疑问，要及时向专业人士咨询。同时，要选择正规、合法的贷款机构和第三方服务机构，避免陷入不必要的法律纠纷。如果你遇到了贷款被第三方机构扣留质押金的问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议。