当您起诉个体商户后，若对方注销了店铺，您仍然可以通过一些法律途径来维护自己的合法权益。以下是对此问题的详细解答：

一、明确个体工商户注销后的法律地位

个体工商户注销后，其作为经营主体的资格和诉讼主体资格将灭失。但这并不意味着您无法继续追究相关责任或寻求法律救济。根据法律规定，您可以通过经营者个人、权利义务承继主体或清算责任人等身份来提起诉讼。

二、选择合适的起诉方式

1. 以经营者个人名义起诉

   • 适用情况：如果个体工商户是个人经营的，且注销后您需要追究相关责任或寻求法律救济，可以选择以原经营者的个人名义提起诉讼。
   • 操作步骤：
     • 准备经营者个人的身份证明材料，如身份证原件及复印件。
     • 撰写起诉状，明确原告（即您自己）的身份信息、被告（即原个体工商户的经营者）的详细信息、诉讼请求以及事实和理由。
     • 将起诉状及相关证据材料提交至有管辖权的法院。

2. 以合伙人名义起诉（如适用）

   • 适用情况：如果个体工商户是合伙经营的，且合伙企业涉及未了结事务，您可以选择以全体合伙人或部分合伙人的名义提起诉讼。如果合伙企业已经清算并注销，清算人或清算组成员也可以作为当事人。
   • 操作步骤：
     • 确定合适的起诉主体，如全体合伙人、部分合伙人、清算人或清算组成员。
     • 准备合伙协议、清算报告等相关证明材料。
     • 按照正常诉讼程序准备起诉材料并提交至法院。

3. 因权利义务承继起诉

   • 适用情况：如果个体工商户注销前存在权利义务承继情况，如业务、资产等被其他主体承接，且相关权利一并转移，您可以以承继主体的名义提起诉讼。
   • 操作步骤：
     • 提供证明权利义务承继关系的证据，如转让协议、资产交接清单等。
     • 以承继主体名义准备起诉材料，包括起诉状、主体资格证明文件及相关证据。
     • 向有管辖权的法院提起诉讼。

4. 清算责任人起诉

   • 适用情况：如果个体工商户注销过程中涉及清算，且存在未了结债权，清算责任人可以提起诉讼。
   • 操作步骤：
     • 提供清算相关文件，如清算报告、财务记录等。
     • 清算责任人以其名义准备起诉状、证据等材料向法院提起诉讼。

三、注意事项

• 确保材料真实合法：在整个诉讼过程中，务必确保所有提交的材料真实、合法，以避免因材料问题导致诉讼失败。
• 保持与法院沟通：保持与法院的沟通畅通，及时提供补充材料或回应法院询问，以确保诉讼进程顺利进行。
• 咨询专业律师：由于个体工商户注销后的法律地位和起诉主体可能因具体情况而异，建议在实际操作中咨询专业律师的意见，以确保您的权益得到充分保障。

综上所述，即使个体工商户注销了店铺，您仍然可以通过合适的起诉方式来维护自己的合法权益。在选择起诉方式时，请根据实际情况进行判断，并确保所有材料的真实性和合法性。