在个体工商户诉讼中，如果该个体工商户已经注销，处理方式会依据具体情况有所不同，但一般来说，可以遵循以下原则：
一、关于诉讼主体与责任承担
个体工商户注销后的责任主体：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五十六条第一款，个体工商户的债务，如果是个人经营的，以个人财产承担；家庭经营的，以家庭财产承担。这意味着，即使个体工商户注销，其经营期间产生的债务并不会因此消灭，而是由原经营者（个人或家庭）继续承担。
- 在诉讼中，如果个体工商户已经注销，债权人应以营业执照上登记的经营者为被告提起诉讼。如果个体工商户有字号，虽然通常以字号为当事人，但应同时注明该字号经营者的基本信息，实际上责任仍由原经营者承担。
劳动关系中的责任承担：
- 以您提供的案例为例，如果个体工商户（如小饭馆）与劳动者存在事实劳动关系，并在注销前欠付劳动者工资、未签订书面劳动合同的二倍工资差额或经济补偿金等，这些债务在个体工商户注销后，应由原经营者承担。
二、关于诉讼程序与管辖协议
诉讼程序的继续：
- 个体工商户注销并不影响已经开始的诉讼程序的继续进行。法院会根据案件事实和法律规定，对已经受理的案件进行审理，并作出判决。
- 如果个体工商户在诉讼过程中注销，法院可能会要求原告变更被告，将原经营者列为被告，并继续审理案件。
管辖协议的效力：
- 个体工商户注销后，其在存续期间与债权人签订的管辖协议仍然有效。这是因为管辖协议是当事人为解决未来可能发生的实体争议而预先选择的诉讼法院，它服务于实体争议的解决。
- 既然主债权债务关系（实体权利义务）并未因注销而消灭，那么为解决该争议而预先约定的程序规则（管辖协议）也应继续有效。债权人应以原经营者为被告，向协议约定的管辖法院提起诉讼。
三、实际操作建议
收集证据：
- 在提起诉讼前，确保收集到足够的证据来证明与个体工商户之间的法律关系（如劳动关系、合同关系等）以及个体工商户注销前欠付的债务。
变更被告：
- 如果个体工商户在诉讼过程中注销，及时向法院申请变更被告，将原经营者列为被告。
遵循管辖协议：
- 如果与个体工商户签订了管辖协议，且该协议合法有效，那么应按照协议约定的管辖法院提起诉讼。
咨询专业律师：
- 由于个体工商户注销后的诉讼处理可能涉及复杂的法律问题，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
综上所述，个体工商户在诉讼中注销并不意味着诉讼的终结或债务的消灭。债权人仍可以通过法律途径追究原经营者的责任，并应遵循相关的诉讼程序和管辖协议。