当用户面临起诉店铺但发现店铺已经注销的情况时，处理起来确实会比较复杂。不过，根据相关法律法规，您依然有途径来维护自己的合法权益。

首先，要明确的是，即使店铺已经注销，但其注销前的法律责任并不会因此消失。如果店铺在注销前存在未了结的债务或法律纠纷，其经营者或股东仍然需要承担相应的法律责任。

针对您的情况，您可以考虑以下几步来处理：

1. 查明店铺注销情况：

   • 通过工商登记部门或企业信用信息公示系统查询店铺的注销时间、注销原因以及是否存在清算报告等信息。
   • 如果店铺是通过简易程序注销的，还需要关注其是否进行了合法的清算，并公告了债权人。

2. 确定责任主体：

   • 如果店铺是个体工商户，那么其经营者（个人或家庭）将承担法律责任。
   • 如果店铺是公司制企业，且已经注销，那么您需要关注其注销前的清算情况。如果清算不合法或存在未了结的债务，您可以向其股东提起诉讼。

3. 收集证据并提起诉讼：

   • 收集与店铺交易的相关证据，如合同、收据、交易记录等。
   • 根据查明的情况，向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求责任主体承担相应的法律责任。

4. 关注法律程序并维护权益：

   • 在诉讼过程中，密切关注法院的通知和安排，积极参与庭审。
   • 如果判决支持您的诉求，但责任主体不履行义务，您可以申请强制执行。

此外，还需要提醒您的是，在选择预付式消费时，要尽量全面考察经营者的资质、规模、信誉等情况，理性消费，避免一次性大量交款。同时，也要保留好相关证据，以备发生纠纷时维权有据。

总之，虽然店铺已经注销，但您依然有途径来维护自己的合法权益。建议您咨询专业律师以获取更具体的法律建议和支持。