当您起诉个体工商户后，发现该个体工商户已经注销，这确实是一个需要妥善处理的问题。以下是一些建议，希望能帮助您解决这一困境。

首先，您需要确认该个体工商户注销前的经营性质和债务承担主体。通过查阅工商登记档案，您可以了解到个体工商户的经营性质（个人经营或家庭经营）以及经营者的身份信息。这一步至关重要，因为它将决定您接下来应该采取的法律行动。

如果个体工商户是个人经营的，且注销前存在未结清的债务，那么您可以将经营者个人列为被告，继续进行诉讼。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明该债务确实存在，并且与已注销的个体工商户的经营活动相关。如果法院认定债务成立，经营者将需要以其个人财产来承担债务责任。

如果个体工商户是家庭经营的，那么债务将由家庭财产来承担。在这种情况下，您可能需要将经营者的家庭成员也列为共同被告，以确保您的权益得到充分保障。

然而，如果无法确定明确的债务承担主体，或者个体工商户的注销涉及到其他复杂的法律问题，您可能需要咨询专业的律师或法律机构。他们可以根据您的具体情况，为您提供更详细的法律建议和指导。

此外，您还需要注意，如果个体工商户在注销过程中存在未处理的税务或债务问题，这可能会给您带来后续的法律风险。因此，在采取任何法律行动之前，请确保您已经充分了解并处理了所有相关事宜。

总之，当您起诉个体工商户后发现其已经注销时，不要慌张。通过确认债务承担主体、提供充分证据、咨询专业律师等步骤，您可以有效地维护自己的合法权益，并妥善解决这一纠纷。