结论：员工因工作不负责被停工并停发工资是否合理，需根据具体情况判断，包括公司规章制度、员工行为性质、停工停发的程序及合理性等因素。
分析如下：
公司规章制度的角度：
- 公司有权根据自身的经营需要和员工管理规定，制定关于员工工作表现、奖惩措施等方面的规章制度。
- 如果公司的规章制度中明确规定了员工工作不负责任的具体情形，以及相应的处理措施（包括停工、停发工资等），并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司依据这些规定对员工进行处理，在程序上可能是合理的。
员工行为性质的角度：
- 员工工作不负责任，如果构成了严重违反公司规章制度或者严重失职、营私舞弊，给公司造成重大损害的情形，那么公司有权依据《劳动合同法》的相关规定，对员工进行相应的处理，包括停工、停发工资，甚至解除劳动合同。
- 如果员工的工作不负责任行为并未达到上述严重程度，或者公司无法证明员工的行为给公司造成了实际损害，那么公司单方面停工、停发工资的行为可能缺乏合法依据。
停工停发的程序及合理性的角度：
- 即使公司有权对员工进行停工、停发工资的处理，也应当遵循一定的程序，如提前通知员工、听取员工的陈述和申辩、进行调查核实等。
- 停工、停发工资的期限也应当合理，不能无限期地停工或停发工资，否则可能构成对员工权益的侵害。
- 如果公司未遵循法定程序或停工停发期限不合理，那么其行为可能被视为违法或不当。
法律建议：
- 对于公司而言，在制定和执行规章制度时，应当确保规章制度的合法性、合理性和可操作性，避免因为规章制度的不完善或执行不当而引发劳动纠纷。
- 对于员工而言，如果认为公司的处理措施不当或侵犯了自己的合法权益，可以与公司进行协商沟通，或者向劳动监察部门投诉举报，甚至通过法律途径维护自己的权益。
可能后果：
- 如果公司的停工、停发工资行为被认定为违法或不当，那么公司可能需要承担相应的法律责任，如补发工资、支付经济补偿金等。
- 如果员工因为公司的违法或不当处理而遭受了实际损失，员工也有权要求公司进行赔偿。
举例说明：
- 假设某公司规章制度中明确规定，员工连续三次未按时完成工作任务且无正当理由的，公司有权停工一周并停发该周工资。如果某员工确实存在这种情况，且公司按照规章制度进行了处理，那么这种处理在程序上可能是合理的。
- 反之，如果公司规章制度中并未规定此类情形，或者员工的行为并未达到规章制度中规定的严重程度，而公司仍然对员工进行了停工、停发工资的处理，那么这种处理可能缺乏合法依据。
总结：员工因工作不负责被停工并停发工资是否合理，需根据具体情况综合判断。如果公司规章制度完善、员工行为性质严重、停工停发程序合理且期限适当，那么公司的处理可能是合理的；反之，则可能缺乏合法依据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。