结论：公司章程规定对外担保由董事会决定，但实际由股东会作出决议，这一情形并不必然导致担保无效。担保的效力需结合决议程序的合法性、相对人的善意与否以及是否符合公司章程和法律法规的综合要求来判断。
一、决议程序的合法性对担保效力的影响
公司章程的自主权：
- 公司章程作为公司的“宪法”，有权就对外担保的决策机构、程序及限额等作出特别规定。若章程明确规定对外担保由董事会决定，则原则上应遵循章程规定。
- 但若实际由股东会作出决议，且该决议程序合法（如召集程序、表决方式等符合法律规定和公司章程），且决议内容未超出公司章程规定的担保限额，则该决议可能被视为有效。
法律法规的强制性要求：
- 根据《公司法》第十六条，公司为他人提供担保，特别是为公司股东或实际控制人提供担保时，必须经过股东会或股东大会决议（除非公司章程另有规定且该规定不违反法律法规的强制性要求）。
- 若公司章程未明确规定对外担保的决策机构，或规定与《公司法》相冲突（如规定仅由董事会决定为公司股东提供担保），则应以《公司法》的规定为准，即需经过股东会或股东大会决议。
二、相对人的善意与否对担保效力的影响
相对人的审查义务：
- 相对人在接受公司担保时，应审慎审查担保决议的合法性和有效性，包括查阅公司章程、股东会或董事会决议等相关文件。
- 相对人无需对决议的真实性、合法性进行实质审查，但需尽到必要的注意义务，如确认决议是否符合公司章程规定的表决人数及通过比例。
相对人善意的情况：
- 如果相对人不知道且不应知道决议存在瑕疵（如程序违法、未达到通过比例等），且已尽到合理审查义务，则即使决议实际上存在瑕疵，担保也可能被认定为有效。
相对人非善意的情况：
- 如果相对人知道或应当知道决议存在瑕疵仍接受担保，则担保可能被认定为无效。例如，相对人明知公司章程规定对外担保由董事会决定，但实际接受的是股东会决议，且未进一步核实决议的合法性。
三、特殊情况下的担保效力
决议被撤销或认定无效：
- 若股东会决议因程序违法、内容违反公司章程或法律法规等原因被撤销或认定无效，则基于该决议签订的担保合同可能受到影响。
- 但需注意，决议被撤销或认定无效并不必然导致担保合同无效。如果相对人善意且已尽到合理审查义务，担保合同仍可能被认定为有效。
越权担保：
- 若董事会或股东会越权作出担保决议（如超出公司章程规定的担保限额），则该决议及基于该决议签订的担保合同可能因越权而无效。
- 但同样需考虑相对人的善意与否。如果相对人善意且已尽到合理审查义务，则担保合同可能仍被认定为有效。
四、实际应用中的建议
公司应严格遵守公司章程和法律法规：
- 在作出担保决策时，应确保决策程序合法合规，避免未经适当程序作出的担保决策损害公司和股东的权益。
相对人应审慎审查担保决议：
- 在接受公司担保时，应仔细审查担保决议的形式要件和实质内容，确保决议的合法性和有效性。
如遇争议应及时咨询专业律师：
- 若因担保决议程序瑕疵或越权担保等问题引发争议，应及时向我咨询以明确法律责任和风险，并寻求合适的解决方案。
综上所述，公司章程规定对外担保由董事会决定但实际由股东会作出决议的情形并不必然导致担保无效。担保的效力需结合决议程序的合法性、相对人的善意与否以及是否符合公司章程和法律法规的综合要求来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。