犯罪嫌疑人在逃的情况下，一般不能直接进行起诉，但在特定条件下可以缺席审判，且刑事诉讼程序不会因犯罪嫌疑人逃跑而停止，司法机关会采取各种措施确保其到案并接受法律制裁。以下是对这一问题的详细分析：

一、一般情况下不能起诉

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，起诉通常需要犯罪嫌疑人到案，以确保其能够参与诉讼过程，行使辩护权等诉讼权利，从而保障司法程序的公正和合法。若犯罪嫌疑人在逃，无法参与庭审，诸如法庭调查、法庭辩论等环节将无法正常进行，同时也无法充分保障犯罪嫌疑人的合法权益。因此，在一般情况下，犯罪嫌疑人在逃时，司法机关不会直接进行起诉。

二、特殊情况及处理程序

1. 缺席审判：

   • 适用情形：对于贪污贿赂犯罪案件，以及需要及时进行审判，经最高人民检察院核准的严重危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪案件，若犯罪嫌疑人、被告人在境外，且监察机关、公安机关移送起诉，人民检察院认为犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，可以向人民法院提起公诉，由犯罪地、被告人离境前居住地或者最高人民法院指定的中级人民法院组成合议庭进行缺席审判。
   • 法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百九十一条对此作了明确规定。

2. 归案后再起诉：

   • 处理方式：对于非上述特殊情形的刑事案件，若犯罪嫌疑人在逃，司法机关会先采取通缉令、网上追逃等各种追逃措施。待犯罪嫌疑人归案后，再按照正常的刑事诉讼程序进行起诉和审判。
   • 法律依据：《公安机关办理刑事案件程序规定》第二百七十四条规定了应当逮捕的犯罪嫌疑人在逃时的处理措施，即经县级以上公安机关负责人批准，可以发布通缉令，采取有效措施，追捕归案。

三、刑事诉讼程序的持续性

即便犯罪嫌疑人逃跑，刑事诉讼程序也不会因此中断。公安机关会继续采取多种措施进行追捕，检察机关则会依据法律规定，通过侦查、审查起诉等程序，将案件移送至法院进行审判。

四、起诉的法律依据与逃跑行为的法律后果

• 起诉依据：只要有充足的证据能证实犯罪嫌疑人的犯罪事实，即便其在逃，也能够依照法律提起公诉，并由法院依法进行审判。
• 逃跑后果：犯罪嫌疑人逃跑后，其行为可能构成脱逃罪，依据《中华人民共和国刑法》第三百一十六条的规定，将面临五年以下有期徒刑或者拘役的处罚。此外，逃跑还可能导致其在原犯罪基础上的刑罚加重，因为这是对法律程序的公然违抗，严重破坏了正常的司法秩序。

五、追诉时效

需要注意的是，即使犯罪嫌疑人逃跑，只要在法定的追诉时效内，公安机关仍会继续追捕并将其绳之以法。根据《中华人民共和国刑法》第八十七条的规定，犯罪经过一定期限不再追诉，但具体期限根据法定最高刑的不同而有所区别。

综上所述，虽然犯罪嫌疑人在逃会给起诉和审判带来一定的困难，但并不意味着不能对其进行起诉和审判。司法机关会根据具体情况采取相应的措施，确保犯罪嫌疑人到案并接受法律的制裁。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。