同案犯在逃时，司法机关仍然可以对已归案的犯罪嫌疑人提起公诉。以下是对这一问题的详细解答：

1. 公诉的独立性：

   • 公诉是检察机关代表国家对犯罪嫌疑人提起的刑事诉讼，其核心在于审查案件事实是否清楚、证据是否确实充分，以及是否符合起诉条件。
   • 同案犯的在逃状态，并不影响已归案犯罪嫌疑人的公诉程序。只要案件事实已经查清，证据确实、充分，且符合起诉条件，检察机关就可以依法提起公诉。

2. 对在逃同案犯的追捕措施：

   • 公安机关会根据案件情况，依法对在逃的同案犯发布通缉令，利用社会资源和警力进行追捕。通缉令的级别可能包括县级、市级、省级乃至全国范围的通缉。
   • 同时，公安机关会运用现代科技手段，如监控视频追踪、大数据分析等，对在逃人员进行定位和追踪，并加强与其他地区的警方协作，实现信息共享和联合追捕。
   • 在某些情况下，公安机关还可能会发布悬赏通告，鼓励公众提供在逃人员的线索或协助抓捕。

3. 对已归案犯罪嫌疑人的审理：

   • 法院将按照法定程序对已归案的被告人进行审判，不受其他在逃人员的影响。在审理过程中，法院会对检察机关提供的证据进行严格审查，确保证据的真实性、合法性和关联性。
   • 如果证据足以证明被告人的犯罪事实，法院将依法作出有罪判决。判决结果将根据被告人的犯罪行为和情节轻重来确定。

4. 特殊情形下的处理原则：

   • 在共同犯罪案件中，如果因部分被告人潜逃导致无法查清全部犯罪事实，法院可能会裁定中止审理。待在逃人员被抓获后，再根据实际情况决定是否恢复审理。
   • 对于同案犯在逃的案件，司法机关也可以根据实际情况选择分案处理或并案处理。分案处理有利于及时审结已归案的被告人案件；并案处理则有助于全面查明案件事实，但需注意避免超期羁押等问题。

法律后果与建议：

• 在逃的同案犯一旦被抓获归案，将面临法律的严厉制裁，包括刑事责任追究和可能的民事赔偿责任。
• 对于已归案的犯罪嫌疑人，建议积极配合司法机关的调查和审理工作，如实供述自己的罪行，争取从轻或减轻处罚。
• 如果您或您身边的人涉及此类案件，有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和辩护策略。