结论：两套商铺捆绑租赁，其中一套退租另一套也收回的合同条款是否合法，需根据具体情况判断，主要看该条款是否违反法律强制性规定、是否显失公平或存在其他无效情形。以下从不同角度进行分析：

1. 合同条款的合法性基础

   • 意思自治原则：合同是双方意思表示一致的产物，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，合同条款即具有法律效力。因此，若双方在合同中明确约定了两套商铺捆绑租赁，且其中一套退租则另一套也收回的条款，该条款本身并不当然违法。
   • 法律强制性规定：需审查该条款是否违反了《民法典》中关于租赁合同的相关规定，特别是关于合同解除、违约责任等方面的规定。若该条款未违反这些强制性规定，则其合法性得以维持。

2. 条款的公平性与合理性

   • 显失公平：若该条款导致一方在合同履行过程中处于明显不利的地位，且这种不利地位并非基于其自愿或合理预期，则可能构成显失公平。例如，若承租人因经营需要仅需退租其中一套商铺，但出租人却要求收回另一套仍在正常使用的商铺，这可能对承租人造成不合理的损失。
   • 合理性审查：法院或仲裁机构在审查合同条款时，会考虑其合理性。若该条款在商业实践中不常见，且缺乏合理的商业理由支持，则可能被视为不合理条款，从而影响其法律效力。

3. 合同解除与违约责任

   • 合同解除：若承租人希望退租其中一套商铺，并希望继续租赁另一套，这实际上构成对原合同的变更或部分解除。根据《民法典》的规定，合同变更或解除需双方协商一致，或符合法定解除条件。若出租人不同意变更或解除合同，且该条款未违反法律强制性规定，则承租人可能需承担违约责任。
   • 违约责任：若承租人擅自退租其中一套商铺，且该行为构成违约，则出租人有权根据合同约定或法律规定要求承租人承担违约责任。然而，这并不意味着出租人可以自动收回另一套仍在租赁期内的商铺，除非合同中有明确约定且该约定合法有效。

4. 实际操作建议

   • 协商解决：在出现争议时，双方应首先尝试通过协商解决。承租人可以与出租人沟通，说明其退租其中一套商铺的原因和需求，并寻求双方都能接受的解决方案。
   • 法律途径：若协商无果，双方可以考虑通过法律途径解决争议。承租人可以咨询专业律师，评估合同条款的合法性、公平性及合理性，并据此制定合适的诉讼策略。

进一步思考：在签订类似捆绑租赁合同时，双方应充分考虑各种可能的情况，并在合同中明确约定各自的权利和义务。特别是关于合同解除、违约责任等方面的条款，应尽可能具体、明确，以避免未来出现争议。若您在签订或履行此类合同过程中遇到任何问题，可以直接向我咨询。