同一公司内，有些部门可以跨年休年休假而有些部门不可以，这种做法在一般情况下是不合理的，但具体还需结合公司规章制度及实际情况来判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律层面
根据《职工带薪年休假条例》第五条：“单位根据生产、工作的具体情况，并考虑职工本人意愿，统筹安排职工年休假。年休假在1个年度内可以集中安排，也可以分段安排，一般不跨年度安排。单位因生产、工作特点确有必要跨年度安排职工年休假的，可以跨1个年度安排。” 这一规定表明，年休假原则上应在当年内安排，但因生产、工作特点确有必要跨年度安排的，可以跨1个年度安排。然而，这一规定并未允许公司根据部门的不同而区别对待，即不能仅因部门差异就决定是否可以跨年休年休假。
二、公司规章制度层面
公司规章制度应当遵循法律法规的原则，不得与法律法规相抵触。如果公司规章制度中明确规定了某些部门可以跨年休年休假而某些部门不可以，且这种规定没有合理的生产、工作特点作为依据，或者未经过职工代表大会或全体职工讨论、与工会或职工代表平等协商确定，那么这种规定可能是无效的。因为根据《劳动合同法》第四条：“用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。”
三、实际操作层面
即使公司规章制度中规定了可以跨年休年休假，也应当确保这种安排是公平、合理的，且不会损害职工的合法权益。如果公司仅因部门差异就决定是否可以跨年休年休假，而没有考虑职工的个人意愿和实际情况，那么这种做法可能会引发职工的不满和争议。
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