核心结论：申请工伤期间无法打卡考勤的工资及考勤认定问题，需根据具体情况分情况处理，主要涉及工伤认定前后的不同处理方式及特殊情形下的考勤认定规则。以下为详细说明：

1. 工伤认定前：按病假或事假处理，但需保留就医证据
   在工伤认定结果出具前，若员工因伤无法正常打卡考勤，用人单位通常可按内部规章制度视为病假或事假处理。但需注意：

   • 病假情形：若员工能提供医疗机构出具的《病假证明单》、诊断记录等材料，证明其因伤需休息，用人单位应按病假工资标准支付工资（通常为正常工资的60%-100%，具体比例依地方规定）。
     
   • 事假情形：若员工无法提供有效医疗证明，用人单位可按事假处理，事假期间一般不支付工资。但需避免以“旷工”直接认定，否则可能因员工客观无法打卡而引发争议。
     
   • 关键证据：员工应保留就医挂号单、缴费凭证、病历等材料，作为后续主张权益的依据。

2. 工伤认定后：按工伤待遇处理，考勤记录不影响工资支付
   若工伤认定结果出具后，员工被确认为工伤，则：

   • 停工留薪期：根据《工伤保险条例》第33条，员工在停工留薪期内（通常为医疗期，最长不超过24个月），原工资福利待遇不变，由用人单位按月支付。此期间无需打卡考勤，用人单位不得以“未打卡”为由扣减工资。
     
   • 特殊情形：若员工伤情稳定后仍需治疗或康复，但已超出停工留薪期，此时需按用人单位的考勤制度执行。若因伤无法到岗，可与用人单位协商调整工作方式（如居家办公、调岗等），或按病假处理。
     
   • 例外情形：若员工被鉴定为1-4级伤残，需退出工作岗位，由工伤保险基金支付伤残津贴，此时考勤问题不再适用。

3. 用人单位操作建议：合规与人性化并重

   • 制度完善：用人单位应在规章制度中明确“工伤期间考勤处理规则”，例如规定“工伤认定前凭医疗证明按病假处理，认定后按停工留薪期待遇执行”，避免模糊条款引发争议。
     
   • 沟通协商：对因伤无法打卡的员工，用人单位应主动沟通，了解其伤情及治疗需求，灵活调整考勤方式（如允许补卡、线上打卡等），体现人文关怀。
     
   • 证据留存：用人单位处理考勤问题时，需留存员工提交的医疗证明、沟通记录等材料，以备劳动监察或仲裁时使用。

温馨提示：若您因工伤无法打卡考勤，建议第一时间向用人单位提交医疗证明，并保留相关证据；若用人单位处理不当，可依法主张权益。如有具体问题，欢迎直接向我咨询。