结论：在员工不愿意退还报销费用的情况下，公司一般不能直接从其工资中抵扣，但可以通过协商、法律途径或依据公司规章制度（需合法且经民主程序制定并公示）来处理。

分析说明：

1. 协商处理：

   • 公司可以首先尝试与员工进行协商，解释报销费用的性质和退还的必要性，寻求员工的理解和配合。这种方式成本较低，且有助于维护良好的劳动关系。

2. 法律途径：

   • 如果协商无果，公司可以考虑通过法律途径解决。根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工有义务遵守公司的规章制度，并按照公司规定进行费用报销和退还。若员工无正当理由拒绝退还报销费用，公司可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼，要求员工退还费用。

3. 公司规章制度：

   • 规章制度合法性：公司可以在规章制度中明确规定报销费用的退还流程和责任，以及员工拒绝退还时的处理措施。但需要注意的是，这些规章制度必须合法、合理，且经过民主程序制定并公示，否则可能被视为无效。
   • 规章制度内容：规章制度中可以规定，若员工无正当理由拒绝退还报销费用，公司有权从其工资中扣除相应金额。但这一规定必须明确、具体，且符合相关法律法规的规定，否则可能引发劳动争议。
   • 执行程序：即使规章制度中有相关规定，公司在执行时也需谨慎。一般应先通过书面形式通知员工，告知其退还费用的义务及不履行的后果，并给予其合理的申诉期限。若员工在期限内仍未退还，公司方可考虑从其工资中扣除。

特殊场景：

• 若员工因特殊原因（如经济困难）暂时无法退还报销费用，公司可以考虑给予一定的宽限期或分期退还的安排。这既体现了公司的人文关怀，也有助于维护劳动关系的和谐稳定。

行动建议：

• 完善规章制度：公司应尽快完善相关规章制度，明确报销费用的退还流程和责任，以及员工拒绝退还时的处理措施。同时，确保这些规章制度合法、合理，且经过民主程序制定并公示。
• 加强沟通协商：在处理此类问题时，公司应加强与员工的沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。这有助于减少劳动争议的发生，维护良好的劳动关系。
• 依法维权：若协商无果且公司规章制度中有明确规定，公司可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求员工退还费用。在维权过程中，公司应保留好相关证据，如报销凭证、员工拒绝退还的书面证据等。

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