结论：个体工商户在员工工伤后注销，员工仍然可以主张工伤赔偿，且可以向法院起诉。以下是具体分析和建议：
一、法律背景与依据
根据《工伤保险条例》及相关法律规定，员工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的，应当认定为工伤，并享受相应的工伤保险待遇。即使个体工商户在员工工伤后注销，这并不影响员工工伤事实的认定和工伤赔偿的请求权。因为工伤赔偿是基于员工与个体工商户之间的劳动关系以及工伤事实而产生的，与个体工商户的存续状态无关。
二、主张工伤赔偿的途径
与个体工商户的负责人协商：
- 在个体工商户注销前或注销后，员工可以尝试与个体工商户的负责人进行协商，就工伤赔偿事宜达成一致意见。
- 协商过程中，员工应明确自己的工伤事实、赔偿项目和金额，并保留好相关证据，如工伤认定书、医疗费用发票等。
向劳动争议仲裁委员会申请仲裁：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求个体工商户的负责人支付工伤赔偿。
- 仲裁过程中，员工需要提交工伤认定书、劳动关系证明、医疗费用发票等相关证据，以证明自己的工伤事实和赔偿请求。
向法院起诉：
- 如果仲裁结果不满意或个体工商户的负责人不履行仲裁裁决，员工可以向法院起诉，要求法院判决个体工商户的负责人支付工伤赔偿。
- 起诉时，员工需要准备起诉状、相关证据材料，并按照法院的要求缴纳诉讼费用。
三、起诉时的注意事项
确定被告主体：
- 虽然个体工商户已经注销，但员工仍然可以起诉其负责人或实际经营者作为被告。
- 在起诉前，员工需要查明个体工商户的负责人或实际经营者的身份信息，以便在起诉状中准确列明被告。
保留好相关证据：
- 员工在主张工伤赔偿时，需要保留好工伤认定书、劳动关系证明、医疗费用发票等相关证据。
- 这些证据是证明员工工伤事实和赔偿请求的关键依据，必须妥善保管。
注意诉讼时效：
- 根据法律规定，员工主张工伤赔偿的诉讼时效期间为一年，自知道或者应当知道权利被侵害之日起计算。
- 因此，员工在发现工伤后应及时主张权利，避免超过诉讼时效期间而丧失胜诉权。
四、可能的法律后果
如果员工胜诉：
- 法院将判决个体工商户的负责人或实际经营者支付员工工伤赔偿金，包括医疗费、停工留薪期工资、伤残补助金等。
如果员工败诉：
- 如果员工无法提供充分的证据证明自己的工伤事实或赔偿请求，或者超过了诉讼时效期间，法院可能会驳回员工的诉讼请求。
建议：作为员工，在遭遇工伤后应及时向相关部门申请工伤认定，并保留好相关证据。如果个体工商户在工伤后注销，员工仍然可以依法主张工伤赔偿，并向法院起诉。在起诉过程中，员工需要确定好被告主体、保留好相关证据，并注意诉讼时效问题。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。