老板扣押执业药师资格证的行为是违法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

法律依据

根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条的规定，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。执业药师资格证作为劳动者的专业资格证书，属于“其他证件”的范畴，因此，老板扣押执业药师资格证的行为明显违反了这一法律规定。

法律后果

如果老板扣押了执业药师资格证，劳动者有权向劳动行政部门投诉。劳动行政部门在接到投诉后，会依法进行调查处理，并可能责令用人单位限期退还劳动者本人，同时依照有关法律规定给予处罚。这些处罚可能包括罚款、警告等，具体取决于违法行为的严重程度和当地劳动行政部门的执法力度。

劳动者权益保护

作为劳动者，如果遇到老板扣押执业药师资格证的情况，应当勇敢维护自己的合法权益。首先，可以尝试与老板进行协商，要求其立即退还证件。如果协商无果，可以向当地的劳动行政部门投诉，寻求行政救济。此外，如果因扣押证件而遭受了经济损失或其他损害，劳动者还可以考虑通过法律途径追究老板的民事责任。

特殊情况说明

虽然一般情况下老板扣押执业药师资格证是违法的，但也需要考虑一些特殊情况。例如，如果双方在劳动合同中明确约定了证件的保管和使用方式，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么老板在特定情况下可能暂时保管证件。然而，这种约定必须基于双方的自愿和平等协商，且不得损害劳动者的合法权益。在大多数情况下，老板扣押执业药师资格证的行为都是不合法的，劳动者应当坚决维护自己的权益。

综上所述，老板扣押执业药师资格证的行为是违法的，劳动者有权向劳动行政部门投诉并寻求法律保护。如果遇到此类问题，建议劳动者及时咨询专业律师（即向我咨询），以便更好地维护自己的合法权益。