当合同中的仲裁条款约定不明时，通常可以直接向有管辖权的人民法院提起诉讼，但前提是当事人无法就仲裁事项或仲裁委员会达成补充协议。若能够达成补充协议明确有效的仲裁机构，则应遵循仲裁程序解决纠纷。以下是对这一问题的详细分析：
一、可以直接起诉的情况
仲裁条款约定不明且无法达成补充协议：
- 根据《仲裁法》第十八条，如果仲裁协议对仲裁事项或者仲裁委员会没有约定或者约定不明确，当事人可以补充协议；达不成补充协议的，仲裁协议无效。此时，当事人可以直接向有管辖权的人民法院提起诉讼。
- 例如，合同中仅约定了“发生争议由仲裁解决”，但未明确具体的仲裁委员会，且事后双方又无法就选定的仲裁委员会达成一致意见，该仲裁条款无效，当事人可以直接起诉。
仲裁条款存在其他无效情形：
- 除了约定不明外，如果仲裁条款存在其他无效情形，如约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围、无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立的仲裁协议、一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议等，仲裁协议也将被认定无效，当事人可以直接起诉。
二、不可以直接起诉的情况
达成补充协议明确仲裁机构：
- 尽管仲裁条款最初约定不明，但如果当事人事后能够就仲裁事项和仲裁委员会达成补充协议，重新明确有效的仲裁机构，那么当事人就必须按照补充后的仲裁协议申请仲裁，而不能直接向法院起诉。
特定类型纠纷的特殊管辖规定：
- 对于某些特定类型的纠纷（如劳动争议、农村土地承包经营纠纷等），可能存在特殊的管辖规定和前置程序要求。例如，劳动争议需先申请劳动仲裁，对仲裁裁决不服的，才能向人民法院提起诉讼。这种情况下，即使合同中有仲裁条款，也需要遵循特定领域的特殊规定。
三、实务操作建议
审查仲裁协议有效性：
- 在签订合同时，务必明确仲裁机构和仲裁事项，避免约定不明导致后续纠纷。同时，在发生纠纷时，应仔细审查仲裁协议的有效性，确认是否存在无效情形。
遵守程序要求：
- 如果存在有效仲裁协议，应及时向选定的仲裁委员会提交申请，并按照仲裁程序进行裁决。如果仲裁协议无效或存在其他特殊情况，再考虑向法院提起诉讼。
关注时效问题：
- 无论是仲裁还是诉讼，都存在时效问题。当事人应在规定的时效期间内提出申请或起诉，以免丧失胜诉权。
作为专业律师，我建议你在处理合同纠纷时，务必充分了解并遵循相关法律法规及仲裁协议的具体规定。如果合同中的仲裁条款约定不明或存在其他疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供准确的法律意见和解决方案。