协议只盖公章，在大多数情况下是有效的，但具体效力需结合实际情况及法律规定来判断。以下是对这一问题的详细分析：
协议有效的常规情形
盖章主体适格：
- 盖章的主体必须具备相应的民事行为能力，且有权签订该协议。例如，公司对外签订合同时，加盖公司公章即表明公司同意合同内容，合同有效。若盖章主体不适格，如公司内部的某个部门未经公司授权擅自加盖部门印章签订合同，且对方明知该部门无此权限，则协议的效力会受到质疑。
盖章真实有效：
- 协议上的盖章必须是真实有效的，能够代表当事人的真实意思表示。如果盖章是伪造的，并非当事人真实使用的印章，那么该协议无法体现当事人的真实意愿，因此可能无效。例如，他人私刻公司印章签订合同，公司对此不知情也未追认，则该合同对公司不发生效力。
协议内容合法合规：
- 协议的内容必须合法，不能违反法律、行政法规的强制性规定，也不能违背公序良俗。即使协议上盖了章，但如果协议内容涉及非法交易、侵害他人合法权益等，这样的协议自始无效。
符合约定或法定形式：
- 若法律或双方约定协议需以特定形式（如签字加盖章）生效，则必须严格遵守。但在无此类特定要求的情况下，盖章可作为确认方式使协议生效。例如，根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。
协议可能无效的特殊情形
无权代理盖章：
- 若盖章者未经授权而擅自使用印章，协议的效力可能待定。公司有权对无权代理签订的合同进行追认，追认则合同有效；不追认则合同无效。
恶意串通盖章：
- 若双方恶意串通，损害国家、集体或第三人利益，所盖之章虽真实，但协议仍属无效。例如，为逃避债务而恶意签订的虚假债权债务协议并盖章。
盖章不符合特别约定：
- 若协议中明确约定必须同时签字和盖章才生效，仅盖章而不签字则协议可能不发生法律效力。例如，协议条款明确要求“双方法定代表人签字并加盖公章”作为生效条件。
地区差异与法律规定：
- 不同国家和地区对于公章的法律效力有不同的规定。在某些地方，公章的法律地位可能并不如人们普遍认为的那么高，因此还需要结合其他因素来判断协议的有效性。
法律建议
- 签订协议前：务必确认盖章主体的适格性、盖章的真实性以及协议内容的合法性。如有疑虑，可要求对方提供相关证明文件或进行核实。
- 签订协议时：明确约定协议的生效条件，如是否需要同时签字和盖章、是否需要完成特定的审批或登记程序等。
- 签订协议后：妥善保管协议原件及盖章相关的证明文件，以备不时之需。
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