经济补偿金和加班费可以分两次仲裁进行申请，但需注意以下法律要点和实务操作建议：
一、法律层面：分两次申请的合法性
仲裁请求的独立性
根据《劳动争议调解仲裁法》第六条，劳动者与用人单位发生劳动争议时，可就“经济补偿金”“加班费”等独立事项分别提出仲裁请求。法律未禁止同一劳动争议中的多项请求分次申请，但需满足以下条件：
- 时效内申请：经济补偿金和加班费的仲裁时效均为1年（自知道或应当知道权利被侵害之日起算），分两次申请时需确保每次请求均在时效内。
- 不重复主张：若第一次仲裁已就某项请求（如部分加班费）作出裁决，第二次申请需避免重复主张同一事实和金额，否则可能被驳回。
实务中的操作风险
- 仲裁委合并审理的可能：若两次申请基于同一劳动关系和事实（如同一时间段内的加班费和经济补偿金），仲裁委可能合并审理以提高效率，但法律不强制合并。
- 用人单位抗辩风险：用人单位可能以“劳动者故意拆分请求以拖延程序”为由提出异议，但需举证劳动者存在恶意，否则不影响仲裁委受理。
二、实务建议：如何选择申请方式
优先一次性申请的情形
- 事实关联性强：若经济补偿金和加班费均因同一原因产生（如用人单位违法解除劳动合同导致经济补偿金，同时未支付离职前加班费），建议一次性申请，避免重复举证和程序耗时。
- 证据完整性要求：加班费需劳动者举证加班事实（如考勤记录、加班通知等），若证据分散或需补充，可先申请加班费，待证据完善后再申请经济补偿金，但需注意时效。
分两次申请的情形
- 时效紧迫性差异：若经济补偿金的时效即将届满，而加班费的证据需进一步收集，可先申请经济补偿金，再申请加班费。
- 策略性考虑：若用人单位财务状况恶化，劳动者可优先申请经济补偿金（通常金额较高），再申请加班费，以降低执行风险。
三、法律后果与风险提示
分两次申请的后果
- 程序成本增加：需分别缴纳仲裁费用、参与两次庭审，可能延长争议解决周期。
- 裁决效力独立：两次仲裁裁决均具有法律效力，若用人单位不履行，劳动者需分别申请强制执行。
风险提示
- 证据固定风险：分两次申请可能导致关键证据（如用人单位的工资支付记录、考勤记录）灭失或难以获取，建议提前公证或留存副本。
- 用人单位反制：用人单位可能以“劳动者滥用诉权”为由提出反申请或诉讼，但需符合《劳动争议调解仲裁法》规定的情形（如恶意诉讼）。
四、操作步骤建议
- 第一步：评估请求的关联性
- 若经济补偿金和加班费基于同一事实（如用人单位违法解除），建议一次性申请；若事实独立（如经济补偿金因解除合同，加班费因未支付加班工资），可分次申请。
- 第二步：准备证据材料
- 加班费：需提供考勤记录、加班通知、工资条等证明加班事实和未支付金额的证据。
- 经济补偿金：需提供劳动合同、解除通知、工资记录等证明劳动关系和补偿标准的证据。
- 第三步：提交仲裁申请
- 填写《仲裁申请书》，明确请求事项（如“请求裁决被申请人支付经济补偿金XX元”“请求裁决被申请人支付加班费XX元”），并附证据清单。
- 若分两次申请，需分别提交申请书和证据，并注明“与前案（案号）基于同一劳动关系”。
总结：经济补偿金和加班费可以分两次仲裁申请，但需结合时效、证据和策略综合判断。若您面临此类争议，建议提前梳理事实和证据，向我进一步咨询具体操作方案，以最大限度维护权益。