针对您提出的“员工干了三个月，竞业协议怎么补偿”的问题，这主要涉及到竞业限制协议的补偿问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，竞业限制协议是用人单位与负有保密义务的劳动者之间约定的，劳动者在离职后一定期限内不得从事与用人单位有竞争关系的工作或业务的协议。这种协议的目的是为了保护用人单位的商业秘密和知识产权，防止其被泄露或滥用。

关于竞业限制协议的补偿，这通常取决于双方在协议中的具体约定。一般来说，用人单位在要求劳动者遵守竞业限制义务的同时，会向劳动者支付一定的经济补偿。这种补偿的数额和支付方式，如每月支付、一次性支付等，都应在协议中明确约定。

对于您提到的“员工干了三个月”的情况，如果这三个月是在职期间，且双方已经签订了竞业限制协议，那么员工在职期间通常不需要额外获得竞业限制补偿，因为在职期间的工资已经包含了员工对用人单位的忠诚和保密义务的报酬。但是，如果员工离职后需要继续遵守竞业限制义务，那么用人单位就需要按照协议约定向员工支付经济补偿。

如果员工在离职后违反了竞业限制协议，比如入职了与原用人单位有竞争关系的单位，那么员工可能需要承担违约责任，包括返还已支付的经济补偿（如果已支付的话）和支付违约金。违约金的数额通常会在协议中约定，但根据《民法典》合同编的相关规定，如果约定的违约金过分高于造成的损失，员工有权要求降低违约金数额。

此外，我还想提醒您的是，竞业限制协议的签订和执行都需要遵循法律法规的规定。比如，竞业限制的人员范围应限于高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员；竞业限制的期限、范围和地域等也应与劳动者知悉、接触的商业秘密和与知识产权相关的保密事项相适应。

综上所述，对于“员工干了三个月，竞业协议怎么补偿”的问题，这主要取决于双方在竞业限制协议中的具体约定以及员工是否违反了协议。如果员工离职后需要遵守竞业限制义务，用人单位应按照协议约定支付经济补偿；如果员工违反了协议，可能需要承担违约责任。希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时告诉我。