学生的三方协议丢失后，在工厂是否仍然有效，需分情况讨论：

1. 三方协议的法律性质与效力基础
   三方协议（通常指《全国普通高等学校毕业生就业协议书》）是毕业生、用人单位和学校三方共同签署的书面协议，其法律性质属于民事合同。根据《民法典》第四百六十五条，依法成立的合同受法律保护，对当事人具有法律约束力。因此，协议的效力取决于其是否依法成立并符合法定形式，而非协议原件的物理存在。只要协议内容真实、双方意思表示一致且未违反法律强制性规定，即使原件丢失，协议仍对各方具有约束力。

2. 协议丢失后的效力认定

   • 若协议已实际履行：例如学生已入职工厂、工厂已支付报酬或提供劳动条件，且双方未因协议丢失产生争议，则协议的履行行为已构成对协议内容的认可，协议效力不受原件丢失影响。
     
   • 若协议未履行且产生争议：例如工厂以协议丢失为由否认劳动关系或拒绝履行义务，学生需提供其他证据证明协议内容（如复印件、电子邮件、聊天记录、学校备案记录等）。根据《民法典》第四百六十九条，书面合同的形式包括合同书、信件、电报、电传、传真等可以有形地表现所载内容的形式，复印件或其他证据与原件核对无误的，可作为认定协议效力的依据。

3. 工厂可能提出的抗辩及应对

   • 抗辩理由：工厂可能主张协议丢失导致内容无法确认，或以“未签署协议”为由否认劳动关系。
     
   • 应对建议：
     
     • 学生应尽快联系学校就业指导中心，申请补办协议或出具协议备案证明；
       
     • 收集其他证据（如入职通知、工资条、考勤记录、工作证等）证明劳动关系存在；
       
     • 若工厂拒绝履行义务，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张协议项下的权利。

4. 法律风险提示

   • 若协议中约定了违约金、服务期等特殊条款，学生需注意协议丢失可能影响对条款的举证，进而影响违约责任的认定；
     
   • 建议学生在签署协议后妥善保管原件，并留存复印件或电子版备份，以避免后续纠纷。

总结：三方协议丢失本身不导致协议无效，但可能影响举证便利性。学生应优先通过补办协议或收集其他证据证明协议内容，若工厂拒绝履行义务，可通过法律途径维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询保险理赔或建设工程领域的法律问题。