结论：和隔壁店铺之间的墙打通了，确实可能影响你们店铺办理食品证，具体影响程度需根据实际情况判断。以下从多个角度进行分析：
一、食品证办理的基本要求
食品证的办理通常要求店铺具备独立的经营空间，这包括独立的厨房、就餐区域以及符合卫生标准的设施设备等。打通与隔壁店铺的墙，可能改变店铺的原有布局，进而影响食品证的办理。
二、可能的影响因素
空间独立性：打通墙壁后，如果两个店铺的空间变得不再独立，那么你们店铺可能无法满足食品证办理中关于独立经营空间的要求。
卫生标准：食品证的办理还要求店铺符合一定的卫生标准。打通墙壁后，如果两个店铺的卫生状况相互影响，或者难以达到各自独立的卫生标准，那么也可能影响食品证的办理。
消防安全：打通墙壁还可能涉及消防安全的问题。如果打通后的空间布局不符合消防安全要求，那么在办理食品证时也可能遇到障碍。
三、应对措施与建议
咨询当地食品药品监督管理部门：在办理食品证前，建议先咨询当地食品药品监督管理部门，了解打通墙壁后是否仍然符合食品证办理的要求。
恢复独立空间：如果打通墙壁确实影响了食品证的办理，那么可以考虑恢复独立的空间布局，以满足食品证办理的要求。
加强卫生与消防管理：在打通墙壁后，应加强店铺的卫生与消防管理，确保两个店铺各自符合卫生和消防安全标准，以减少对食品证办理的影响。
四、法律后果
如果未经许可擅自打通墙壁并改变店铺布局，导致无法办理食品证或违反相关法律法规，那么可能面临行政处罚、停业整顿等法律后果。因此，在做出任何改变前，务必先了解相关法律法规和办理要求。
总结：打通与隔壁店铺的墙可能影响你们店铺办理食品证，具体影响程度需根据实际情况判断。在做出改变前，建议先咨询当地食品药品监督管理部门，了解相关要求并采取相应的应对措施。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。