核心结论：总承包合同约定项目在不知情的情况下被他人施工，可按以下步骤处理：

1. 立即固定证据

   • 收集总承包合同、项目规划文件、施工图纸等原始材料，证明自身对项目的合法承包权。
   • 通过现场拍照、录像、公证等方式，固定他人施工的现场证据（如施工设备、人员、进度等）。
   • 若可能，获取施工方的身份信息（如公司名称、负责人联系方式）及施工依据（如是否持有合法施工许可或分包合同）。

2. 核查合同条款与法律关系

   • 合同效力：检查总承包合同中是否明确约定“禁止转包/分包”或“需经发包方书面同意”等条款。若他人施工系承包方擅自转包/分包，可能构成违约。
   • 发包方责任：若发包方直接指定他人施工，可能涉及合同变更或违约，需核查合同中关于“变更程序”的约定（如是否需书面通知、补充协议等）。
   • 实际施工人身份：区分施工方是“合法分包人”（经承包方同意）还是“非法转包人/挂靠人”，后者可能涉及无效合同或侵权。

3. 发送律师函或协商

   • 致承包方：若施工方系承包方擅自安排，可发函要求其立即停止施工、赔偿损失，并依据合同追究违约责任（如扣除工程款、支付违约金）。
   • 致发包方：若发包方直接介入，可发函要求其确认施工合法性，若构成违约，可主张解除合同、赔偿损失（如预期利润、前期投入等）。
   • 协商解决：若对方愿意补偿，可签订书面协议明确赔偿金额、支付方式及后续合作安排，避免纠纷升级。

4. 行政投诉或诉讼

   • 行政途径：向当地建设主管部门投诉施工方无证施工或承包方违法转包，要求行政处罚（如罚款、停工整改）。
   • 民事诉讼：若协商无果，可起诉承包方/发包方，主张：
     • 合同解除：因对方根本违约导致合同目的无法实现；
     • 赔偿损失：包括直接损失（如材料费、人工费）和间接损失（如工期延误罚款、信誉损失）；
     • 返还不当得利：若施工方已获利，可要求其返还（如发包方直接支付工程款给施工方）。

5. 特殊情形处理

   • 表见代理：若施工方持有承包方盖章的虚假授权文件，可能构成表见代理，需结合证据判断是否需承包方承担责任。
   • 善意第三人：若施工方不知情且已投入大量资金，可能涉及“善意取得”问题，需通过诉讼由法院裁决责任分担。

提示：处理此类纠纷需兼顾效率与风险，建议优先通过协商或行政途径快速止损，再通过法律手段追责。具体策略需结合合同条款、证据充分性及对方态度综合制定，可直接向我咨询细节。