结论：在应届生秋招与银行签订了两方补充协议但三方协议未盖章的情况下，是否需要支付违约金，主要取决于两方补充协议中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、两方补充协议的约定
违约金条款的存在：
- 如果两方补充协议中明确约定了违约责任，包括违约金的数额或计算方式，那么一旦应届生违约，银行有权根据协议要求应届生支付违约金。
违约金条款的合法性：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违约金条款应当合理，不得过分高于造成的损失。如果违约金数额过高，应届生可以请求法院或仲裁机构予以适当减少。
二、三方协议的状态
三方协议未盖章的效力：
- 三方协议通常涉及应届生、银行和学校三方，是就业意向的书面表达。如果三方协议尚未盖章，可能意味着协议尚未完全生效或存在争议。然而，这并不影响两方补充协议的效力，除非两方补充协议中明确约定了以三方协议的生效为前提。
三方协议与两方补充协议的关系：
- 如果两方补充协议是独立于三方协议的，且已经双方签字盖章确认，那么三方协议的状态（是否盖章）通常不会影响两方补充协议的履行和违约责任的承担。
三、法律法规的规定
违约金的法律规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条：“当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。”
就业协议的特殊性：
- 就业协议（包括两方补充协议和三方协议）虽然具有民事合同的性质，但因其涉及应届生的就业权益，所以在处理时需更加谨慎。如果应届生认为违约金条款不公平或不合理，可以寻求法律援助或咨询专业律师。
四、建议与行动
审查协议内容：
- 应届生应仔细审查两方补充协议的内容，特别是违约金条款，确保自己了解并同意其中的约定。
与银行协商：
- 如果应届生因特殊原因无法履行协议，建议与银行进行友好协商，寻求双方都能接受的解决方案，如减少违约金数额或分期支付等。
寻求法律援助：
- 如果应届生认为违约金条款不公平或不合理，且无法与银行达成一致意见，可以寻求法律援助或咨询专业律师，了解自己的权益和可能的法律途径。
总结：在应届生秋招与银行签订了两方补充协议但三方协议未盖章的情况下，是否需要支付违约金主要取决于两方补充协议中的具体约定以及相关法律法规的规定。应届生应仔细审查协议内容，与银行进行友好协商，并在必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。