结论：大学生就业时签了两方协议但没签三方协议，是否需要支付违约金，主要取决于两方协议中的具体约定以及是否存在法定或约定的免责情形。若两方协议中未明确规定违约金条款，或存在法定/约定的免责情形，则通常无需支付违约金。

详细分析：

1. 两方协议的性质与内容：

   • 两方协议，通常指的是毕业生与用人单位之间直接签订的就业协议，它不同于三方协议（涉及毕业生、用人单位和学校三方）。两方协议主要明确毕业生与用人单位之间的权利和义务。
   • 需支付违约金的情况：如果两方协议中明确规定了违约金条款，并且毕业生违反了协议中的约定（例如拒绝到约定的用人单位工作），那么根据协议约定，毕业生可能需要支付违约金。
   • 无需支付违约金的情况：
     • 两方协议中未明确规定违约金条款。
     • 毕业生与用人单位协商一致解除协议，并明确约定无需支付违约金。
     • 协议存在法定可撤销情形，如重大误解、显失公平或欺诈、胁迫等，毕业生可通过法律途径请求撤销协议，从而无需支付违约金。

2. 与三方协议的区别：

   • 三方协议是《全国普通高等学校毕业生就业协议书》的简称，它涉及毕业生、用人单位和学校三方，具有更广泛的约束力。如果毕业生违反三方协议的约定，且协议中明确规定了违约金条款，那么通常需要支付违约金。
   • 然而，在仅签订两方协议的情况下，学校并未作为协议的一方参与，因此两方协议的约束力主要限于毕业生与用人单位之间。

3. 法律建议与风险提示：

   • 仔细阅读协议条款：在签订任何就业协议前，毕业生应仔细阅读协议条款，特别是关于违约责任和违约金的部分。确保自己完全理解并同意协议中的所有内容。
   • 协商与沟通：如果毕业生对协议中的某些条款有疑问或不满，应及时与用人单位进行协商和沟通。通过友好协商，双方可以达成更合理的协议条款。
   • 法律途径：如果毕业生认为协议存在不公平或违法条款，或者用人单位违反了协议约定，毕业生可以通过法律途径维护自己的合法权益。例如，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。

总结与进一步建议：

在就业过程中，毕业生应谨慎对待各种就业协议，确保自己完全理解并同意协议中的所有内容。如果签订了两方协议但未签订三方协议，并且协议中未明确规定违约金条款或存在法定/约定的免责情形，则通常无需支付违约金。然而，如果协议中有明确规定且毕业生违反了约定，则可能需要承担相应的违约责任。因此，建议毕业生在签订协议前咨询专业人士（如我，柴建民律师，专注于刑事辩护、合同纠纷领域）的意见，以确保自己的权益得到充分保护。