针对工业用地未批先建的老遗留问题，这是一个涉及法律、政策以及实际操作层面的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律原则与考量
在处理此类问题时，行政机关通常会遵循“过罚相当”原则，即行政处罚的种类和幅度应与违法行为的事实、性质、情节以及社会危害程度相当。同时，也会充分考虑历史遗留问题的特殊性，结合非法占地的原因、过程、时间与各方责任情况，采取既能实现行政管理目的，又能对相对人信赖利益予以保护，对其权益影响和社会资源损害最小的执法方式。
二、具体处理方式
补办手续：
- 对于未批先建的工业用地项目，如果项目本身符合土地利用总体规划和城市规划，且未造成严重后果，政府通常会鼓励项目单位补办相关建设审批手续。
- 补办手续的具体流程可能包括：项目单位向相关部门提交申请，提供必要的证明材料；相关部门对项目进行调查、认定，确认其符合补办条件后，开展建设审批手续补办工作。
- 以哈尔滨市为例，其已出台《哈尔滨市妥善解决未批先建产业项目补办建设审批手续若干规定》，为未批先建产业项目补办建设审批手续提供了明确指导。
行政处罚与整改：
- 对于违法占地和违法建筑物，项目单位需要主动向政府出具《违法占地及建设处罚（处理）承诺书》，并承担违法责任。
- 执法部门将依法依规对违法占地和违法建筑物作出处罚（处理），并在相关意见征集书中明确处罚（处理）的具体办理情况。
- 项目单位需根据处罚（处理）决定进行整改，确保项目符合法律法规要求。
信赖利益保护：
- 如果项目单位在建设过程中已形成足够的信赖利益，如政府及相关部门曾作出行政许可或支持先行建设等，那么在处理未批先建问题时，应充分考虑这些信赖利益，避免对项目单位造成不必要的损失。
- 在某些情况下，如果政府及相关部门存在过错或责任，项目单位可以通过法律途径寻求救济或补偿。
三、实际操作建议
了解当地政策：
- 项目单位应首先了解当地政府关于未批先建产业项目的处理政策，包括补办手续的具体流程、所需材料、处罚标准等。
积极沟通协商：
- 项目单位应与政府及相关部门保持积极沟通，主动说明情况，寻求理解和支持。在补办手续或接受处罚过程中，积极配合政府工作，确保问题得到妥善解决。
寻求法律援助：
- 如果项目单位在处理未批先建问题时遇到法律难题或争议，可以寻求专业法律援助，通过法律途径维护自身合法权益。
四、案例参考
以广东省某工程有限公司诉某市自然资源局行政处罚案为例，该案中公司未依法取得并完善用地审批手续，但市政府及相关部门明知其用地手续不全仍支持先行建设。最终，最高人民法院判决撤销一、二审判决，确认被诉处罚决定违法，并要求自然资源局主动协商采取补救措施或赔偿方案。这一案例表明，在处理未批先建问题时，应充分考虑历史遗留问题和信赖利益保护原则。
综上所述，处理工业用地未批先建的老遗留问题需要综合考虑法律原则、政策规定以及实际情况。项目单位应积极了解当地政策、与政府沟通协商，并在必要时寻求法律援助以维护自身合法权益。