刑事案件判决书生效后进入再审程序，公诉机关申请撤回起诉的，法院需根据不同情形作出处理，具体如下：

1. 法院裁定准许撤回起诉的情形
   根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第469条，若法院经审查认为公诉机关撤回起诉的请求符合法定条件（如证据不足、事实不清、法律适用错误等），且不损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益的，应当裁定准许撤回起诉。此时，原判决、裁定视为撤销，案件终止审理。
   法律依据：该条款明确规定了撤回起诉的审查标准，强调对公共利益和他人权益的保护，避免公诉机关滥用撤回权。

2. 法院裁定不准许撤回起诉的情形
   若法院认为公诉机关撤回起诉的理由不成立（如案件事实清楚、证据充分，或撤回起诉可能损害公共利益、他人合法权益），应当裁定不准许撤回起诉，并继续再审程序。此时，法院需对原判决、裁定进行全面审查，依法作出改判、维持或撤销等决定。
   法律依据：再审程序的核心是纠正错误判决，若允许无合理理由的撤回起诉，可能损害司法权威和当事人权益，因此法院需严格审查。

3. 特殊情形：再审期间原判决、裁定已执行的处理
   若原判决、裁定已执行（如被告人服刑），且法院裁定准许撤回起诉的，应当按照审判监督程序指令原审法院或同级其他法院重新审理。此时，被告人已执行的刑期需根据新判决折抵，若新判决无罪，被告人可依法申请国家赔偿。
   法律依据：《国家赔偿法》第17条明确规定，对公民采取逮捕措施后决定撤销案件、不起诉或判决宣告无罪终止追究刑事责任的，受害人有取得赔偿的权利。

实务建议：

• 对被告人而言，若公诉机关申请撤回起诉，需重点关注法院是否准许及理由，必要时可委托律师提出书面意见，维护自身权益。
  
• 对公诉机关而言，撤回起诉需严格遵循法定条件，避免因程序瑕疵导致再审程序复杂化。
  
• 对法院而言，需平衡公诉机关的撤回权与司法公正，确保再审程序不流于形式。

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供详细分析。