企业申请补助后，财政资金直接拨付给第三方作为工程款，这一行为是否合法，需根据具体情况及资金性质来判断。以下从不同角度进行分析：
一、资金性质与用途的合规性
专项补助资金：如果企业申请的补助资金是专项用于特定工程项目的，且补助文件或协议中明确规定了资金的使用方式和支付对象，那么资金直接拨付给第三方作为工程款，在符合补助文件或协议规定的情况下，是合法的。这种支付方式有助于确保资金专款专用，提高资金使用效率。
非专项补助资金：如果补助资金并非专项用于特定工程项目，或者补助文件或协议中未明确规定资金的使用方式和支付对象，那么资金直接拨付给第三方作为工程款可能涉及违规。因为这种情况下，企业可能未经批准擅自改变了资金用途，违反了补助资金的管理规定。
二、合同与协议的约定
存在明确约定：如果企业与补助发放机构或第三方在合同或协议中明确约定了资金拨付方式，包括直接拨付给第三方作为工程款，那么这种支付方式在合同或协议范围内是合法的。合同或协议是双方意思自治的体现，只要不违反法律法规的强制性规定，就应当受到保护。
无明确约定或约定不明：如果合同或协议中未明确约定资金拨付方式，或者约定不明，那么企业擅自将资金拨付给第三方作为工程款可能构成违约或违规。在这种情况下，企业应当与补助发放机构或第三方协商解决，或者按照相关法律法规的规定处理。
三、法律法规的遵循
遵守相关法律法规：企业在处理补助资金时，必须严格遵守国家相关法律法规的规定，包括但不限于《中华人民共和国预算法》、《中华人民共和国政府采购法》等。如果资金拨付行为违反了这些法律法规的规定，那么该行为就是违法的。
审计与监督：补助资金的使用通常受到审计和监督部门的严格监管。如果企业未经批准擅自改变资金用途或违规拨付资金，可能会面临审计部门的审查和处罚。
四、实际操作中的建议
仔细审查补助文件与协议：企业在申请补助时，应仔细审查补助文件或协议中的条款，确保对资金的使用方式和支付对象有明确的理解。
与补助发放机构沟通：如果企业对资金拨付方式有疑问或需要变更，应及时与补助发放机构沟通并取得其同意。
保留相关证据：企业在处理补助资金时，应保留好相关证据，包括补助文件、协议、支付凭证等，以备审计和监督部门审查。
总结来说，企业申请补助后财政资金直接拨付给第三方作为工程款是否合法，取决于资金性质、合同与协议的约定以及法律法规的遵循情况。如果企业在处理补助资金时遇到疑问或需要法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。