关于第三方帮企业办理政府补贴是否合法的问题，这需要分情况来讨论，并且要警惕其中可能存在的风险。
首先，合法性方面：
官方指定或合作机构：如果第三方机构是政府官方指定或合作的，且具备相应的资质和授权，那么它们帮助企业办理政府补贴是合法的。但这种情况相对较少，且政府通常会明确公示合作机构名单。
自主申报原则：在许多地区，政府补贴的申报是要求企业自主进行的，禁止中介机构虚假包装和代报行为。这意味着，如果第三方机构未经授权，擅自以企业名义进行申报，就可能构成违法行为。
弄虚作假风险：部分中介机构可能会暗示或明示企业通过弄虚作假、伪造材料等方式来申报补贴。这种行为不仅违法，而且一旦被发现，企业将面临严重的法律后果，包括但不限于罚款、取消补贴资格、列入黑名单等。
接下来，风险方面：
虚假宣传：一些中介机构可能会利用信息差，进行虚假宣传，夸大自己的服务能力和通过率，诱导企业支付高额费用。但实际上，它们可能无法提供有效的服务，甚至根本无法帮助企业获得补贴。
诱导消费：在申请过程中，中介机构可能会以“有助于提高通过率”等为由，诱导企业参加不同名目的辅导培训，并收取高额费用。这些培训可能并不实用，甚至可能是骗局。
合同纠纷：由于中介机构的服务质量和效果往往难以保证，因此企业与中介机构之间很容易发生合同纠纷。一旦纠纷发生，企业可能需要花费大量时间和精力来维权。
建议：
了解政策：企业应主动了解政府补贴的相关政策，包括申报条件、流程、所需材料等。这样可以帮助企业更好地判断第三方机构的服务是否合法、有效。
谨慎选择：如果企业确实需要借助第三方机构的力量来申报政府补贴，那么应谨慎选择机构。建议选择具有官方背景、信誉良好、服务透明的机构进行合作。
保留证据：在与第三方机构合作过程中，企业应保留好所有相关证据，包括合同、付款凭证、沟通记录等。这样一旦发生纠纷，企业可以及时维权。
自主申报：如果条件允许，企业应尽量自主申报政府补贴。这样不仅可以避免与中介机构之间的纠纷，还可以更好地掌握申报进度和结果。
综上所述，第三方帮企业办理政府补贴的合法性取决于多种因素。企业在选择第三方机构时，应谨慎评估其合法性和风险性，并尽量自主申报政府补贴以避免潜在的法律纠纷和经济损失。