判决以协议中的协调义务为由否认承担主体责任，是否属于认定事实错误，这需分情况讨论，不能一概而论。以下从几个关键角度进行分析：

1. 协议内容与主体责任的明确性：

   • 若协议中明确规定了某方的主体责任，且协调义务仅为附加或辅助性义务：在此情况下，判决若仅因一方未履行协调义务就否认其主体责任，很可能构成认定事实错误。因为主体责任与协调义务在性质、目的和后果上通常是分开的，未履行协调义务不应成为免除主体责任的理由。
   • 若协议中主体责任与协调义务相互交织，且难以明确区分：此时，判决可能需要根据协议的具体条款、双方的实际履行情况以及行业惯例等因素进行综合判断。如果协调义务的履行对于主体责任的承担具有决定性影响，那么判决否认主体责任可能并非完全错误，但需有充分证据支持。

2. 法律原则与公平性考量：

   • 法律原则：在合同纠纷中，法律通常要求各方按照约定履行自己的义务。如果一方未履行其应尽的义务（无论是主体责任还是协调义务），都可能面临法律责任。因此，判决应基于协议内容和法律规定，公平、公正地分配责任。
   • 公平性：判决在否认主体责任时，还需考虑是否对另一方造成了不公平的结果。如果否认主体责任导致另一方承担了不应由其承担的风险或损失，那么判决可能缺乏公平性，从而构成认定事实错误或适用法律不当。

3. 证据与事实认定的准确性：

   • 证据充分性：判决是否基于充分、确凿的证据来认定事实，是判断其是否错误的关键。如果判决在否认主体责任时缺乏足够的证据支持，或者对证据的解读存在偏差，那么很可能构成认定事实错误。
   • 事实认定准确性：除了证据充分性外，判决还需准确认定事实。这包括对协议内容的理解、双方履行义务的情况、行业惯例的遵循等。如果判决在事实认定上存在错误或疏忽，也可能导致对主体责任的错误否认。

建议：

• 对于此类纠纷，当事人应首先仔细审查协议内容，明确各自的权利和义务。
• 在争议发生时，及时收集并保存相关证据，以便在诉讼或仲裁中支持自己的主张。
• 如有必要，可寻求专业律师的帮助，对协议进行法律解读和风险评估，以及制定合适的诉讼或仲裁策略。

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