未办理供地手续但土地已经使用，能否通过协议出让补办手续需分情况讨论，具体如下：
- 若土地用途符合协议出让范围
根据《协议出让国有土地使用权规定》第三条，协议出让适用于以下情形：
- 工业、商业、旅游、娱乐和商品住宅等经营性用地以外用途的土地，且同一宗地只有一个意向用地者；
- 原划拨、承租土地使用权人申请办理协议出让（需符合规划并经依法批准）；
- 划拨土地使用权转让中符合协议出让条件的（如经批准可保留划拨的除外）；
- 出让土地使用权人申请续期，且法律、行政法规未禁止续期的。
若您的土地用途属于上述范围（如公益设施、教育用地等非经营性用途），且符合规划、无权属争议，可依法申请协议出让补办手续。但需注意：需先经自然资源主管部门对土地利用现状、规划条件等进行核查，并补缴土地出让金。
- 若土地用途不符合协议出让范围
若土地为经营性用途（如住宅、商业、工业等），且存在多个意向用地者，或未依法履行规划审批、环保评估等前置程序，则无法直接通过协议出让补办手续。此时需按以下流程处理：
- 依法接受行政处罚（如罚款、没收违法所得等）；
- 重新通过招标、拍卖、挂牌等公开竞价方式取得土地使用权；
- 若涉及闲置土地，还需根据《闲置土地处置办法》缴纳闲置费或无偿收回土地。
- 特殊情形：历史遗留问题
若土地使用行为发生在《土地管理法》（2004年修订）实施前，且符合当时政策（如“村改居”用地、乡镇企业用地等），部分地区可能通过“补办出让”或“完善手续”方式解决，但需以地方政府具体政策为准。此类情形需提供土地使用证明、规划许可等历史文件，并经自然资源部门认定。
建议行动步骤：
- 立即停止违法使用行为，避免扩大损失；
- 委托专业机构对土地权属、规划条件进行尽职调查；
- 向当地自然资源主管部门提交书面申请，说明情况并附相关证明材料；
- 根据主管部门要求补缴出让金、税费及罚款，完善用地手续。
风险提示：未依法补办手续继续使用土地，可能面临强制拆除、行政处罚甚至刑事责任（如非法转让、倒卖土地使用权罪）。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。