公司扣员工扶贫基金是否合法，需分情况讨论：

1. 若公司未经员工同意，擅自扣除工资作为扶贫基金：

   • 不合法。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。公司未经员工同意，擅自扣除工资作为扶贫基金，属于克扣工资的行为，违反了法律规定。员工有权要求公司补发被扣除的工资，并可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

2. 若公司通过民主程序制定规章制度，并明确规定员工需缴纳扶贫基金，且该制度不违反法律、行政法规及政策规定，同时员工在入职时或后续过程中明确表示同意：

   • 在特定条件下可能合法，但需谨慎对待。虽然公司通过民主程序制定了规章制度，并得到了员工的同意，但扶贫基金的扣除仍需满足一系列条件。首先，该制度必须不违反法律、行政法规及政策规定，不能损害员工的合法权益。其次，员工必须是在充分了解并自愿的基础上同意缴纳扶贫基金，不能存在欺诈、胁迫等情形。然而，即便满足这些条件，公司扣除扶贫基金的行为也需谨慎对待，因为工资是员工劳动的直接回报，任何形式的扣除都应严格限制在法律允许的范围内。
   • 实际操作建议：即便公司规章制度中有关于扶贫基金的规定，也建议公司在实际操作中保持谨慎，尽量避免直接从员工工资中扣除。公司可以通过其他方式筹集扶贫资金，如自愿捐赠、企业赞助等，以减少法律风险和员工的不满情绪。

3. 若公司扣除的扶贫基金实际上用于非法用途或未按照约定使用：

   • 不合法且可能构成犯罪。如果公司扣除的扶贫基金并未用于约定的扶贫目的，而是被挪作他用或用于非法活动，那么这种行为不仅违反了法律规定，还可能构成犯罪。员工有权要求公司返还被扣除的扶贫基金，并可以向相关部门举报公司的违法行为。

法律建议：

• 对于员工而言，如果发现公司擅自扣除工资作为扶贫基金，应首先与公司进行沟通协商，要求公司补发被扣除的工资。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 对于公司而言，应严格遵守法律规定，不得擅自扣除员工工资。如果确实需要筹集扶贫资金，应通过合法、合规的方式进行，并确保资金的使用透明、合规。

总结：公司扣员工扶贫基金是否合法，取决于多种因素，包括是否经过员工同意、是否违反法律规定、资金的使用情况等。在处理此类问题时，建议员工和公司都保持谨慎态度，并寻求法律专业人士的帮助以确保自身权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。