结论前置：公司以擅自离岗为理由罚款是否合法，需分情况讨论，具体如下：
若公司规章制度合法且员工确实存在擅自离岗行为：
- 根据《劳动合同法》及相关法律法规，公司有权制定合理的规章制度来管理员工，包括对于员工违反工作纪律的行为进行处罚。若公司的规章制度中明确规定了擅自离岗的定义、处罚措施，并且这些规定已经通过民主程序制定、公示或告知了员工，同时不违反法律、行政法规的强制性规定，那么公司依据这些规章制度对擅自离岗的员工进行罚款，在合法合理的范围内是可以的。但需注意，罚款的金额应当合理，不能过分高于员工因擅自离岗给公司造成的损失，且不得违反最低工资标准等法律规定。
若公司规章制度不合法或员工不存在擅自离岗行为：
- 如果公司的规章制度未经民主程序制定、未公示或告知员工，或者规章制度中的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，那么这样的规章制度是无效的，公司不能依据这些无效的规章制度对员工进行罚款。
- 另外，如果员工实际上并不存在擅自离岗的行为，或者公司无法证明员工存在擅自离岗的行为，那么公司以擅自离岗为理由对员工进行罚款也是不合法的。
额外提醒：
- 公司在对员工进行罚款时，应当遵循公平、公正、公开的原则，确保罚款的合法性和合理性。
- 员工在面对公司的不合理罚款时，有权向公司提出异议，并可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
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