院长安排你干两个科室的工作是否合法，这主要取决于劳动合同或单位规章制度中的具体规定，以及这种安排是否违反了相关法律法规的强制性规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
劳动合同与单位规章制度的角度：
- 劳动合同约定：首先，需要查看你与单位签订的劳动合同中，是否明确规定了你的工作岗位、工作内容以及工作地点等。如果劳动合同中明确规定了你的工作岗位为一个科室，而院长却安排你同时负责两个科室的工作，这可能构成对劳动合同的变更。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，变更劳动合同应当遵循平等自愿、协商一致的原则，且不得违反法律、行政法规的规定。因此，如果未经你同意，院长单方面安排你干两个科室的工作，可能构成违法。
- 单位规章制度：其次，需要查看单位的规章制度中是否有关于员工工作安排、岗位调整等方面的规定。如果规章制度中明确规定了员工可以或应当承担多个科室的工作，且这种规定不违反法律法规的强制性规定，那么院长的安排可能是合法的。但同样，这种安排也应当遵循公平、合理的原则，且不得损害员工的合法权益。
法律法规的强制性规定角度：
- 工作时间与休息休假：根据《中华人民共和国劳动法》的规定，劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时。如果院长安排你干两个科室的工作导致你长时间加班，且未按照法律规定支付加班费或安排补休，那么这种安排可能违反了劳动法的规定。
- 劳动安全卫生：此外，如果两个科室的工作性质、工作环境等存在较大差异，且这种安排可能对你的身体健康或安全造成威胁，那么这种安排也可能违反了劳动法中关于劳动安全卫生的规定。
实际操作与合理性的角度：
- 实际工作量与能力匹配：即使劳动合同和单位规章制度中没有明确禁止员工承担多个科室的工作，但如果这种安排导致你的实际工作量过大，超出了你的能力范围，且单位未提供必要的支持和帮助，那么这种安排可能缺乏合理性。
- 沟通与协商：在面对这种安排时，你可以与院长进行沟通，表达自己的困难和担忧，并尝试协商一个更合理的解决方案。如果沟通无果，你可以向单位的劳动争议调解委员会或劳动争议仲裁委员会申请调解或仲裁。
建议：
- 首先，仔细审查你的劳动合同和单位的规章制度，了解其中关于工作安排、岗位调整等方面的规定。
- 其次，评估这种安排对你的实际工作量、身体健康和安全等方面的影响。
- 如果认为这种安排不合法或不合理，你可以与院长进行沟通协商，或者向单位的劳动争议调解委员会或劳动争议仲裁委员会申请调解或仲裁。
在处理此类问题时，请务必保留好相关证据，如劳动合同、单位规章制度、工作安排通知等，以便在需要时提供证明。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。