医师在本院两个科室上班是否违法需分情况讨论，具体如下：

1. 若符合医院内部管理规定及执业注册范围，不违法
   根据《医师法》第十四条，医师经注册后可在医疗卫生机构中按照注册的执业地点、类别、范围执业。若医院因业务需要安排医师跨科室工作（如急诊科医师临时支援内科），且该医师的执业范围包含相关科室诊疗项目，同时医院已履行内部审批程序（如备案、多地点执业申请等），则属于合法执业行为，无需处罚。

2. 若违反以下情形，则构成违法并需承担相应责任：

   • 超范围执业：若医师未取得第二科室的执业资格（如外科医师独立从事内科诊疗），根据《医师法》第五十七条，由县级以上卫健委责令改正，给予警告，没收违法所得，并处1万-10万元罚款；情节严重的，吊销执业证书。
     
   • 未备案多地点执业：若医师在非注册主要执业机构的多科室执业未按规定备案（如未通过“医师电子化注册系统”申请多机构备案），根据《医师执业注册管理办法》第十六条，可能面临警告或暂停6-12个月执业活动的处罚。
     
   • 医院管理失职：若医院未建立跨科室执业管理制度（如未审核医师资质、未安排上级医师指导），根据《医疗机构管理条例》第四十七条，可能被责令限期改正，并处3000元以下罚款；情节严重的，吊销《医疗机构执业许可证》。

建议行动：

• 对医师而言：跨科室执业前需确认自身执业范围是否覆盖目标科室，并通过医院人事部门或卫健委官网完成备案；
  
• 对医院而言：应制定跨科室执业管理制度，明确资质审核、培训考核、医疗质量监控等流程，避免管理漏洞。
  

如有具体案例细节（如科室类型、执业行为性质等），可进一步向我咨询，我会结合地方性法规提供更精准的分析。