在建设工程施工合同中，通常由总承包单位负责为农民工办理工伤保险。以下是详细分析：

1. 法律法规的明确规定
   根据《工伤保险条例》第十条及《关于进一步做好建筑业工伤保险工作的意见》（人社部发〔2014〕103号），建筑施工企业应当依法为职工参加工伤保险，缴纳工伤保险费。其中，“职工”包括与施工企业建立劳动关系的农民工。对于建设项目中的农民工，总承包单位需以项目为单位，在开工前按项目工程总造价的一定比例（通常为0.1%-0.3%）一次性缴纳工伤保险费，覆盖项目内所有农民工。

2. 总承包单位的法定责任
   若建设单位将工程发包给不具备用工主体资格的组织或个人（如“包工头”），根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号）及《保障农民工工资支付条例》第三十条，总承包单位需承担用工主体责任，包括为农民工办理工伤保险。若总承包单位未履行该义务，发生工伤事故时，需由总承包单位承担工伤保险待遇赔偿责任。

3. 分包单位的连带责任
   若总承包单位将工程分包给具备用工主体资格的单位（如专业分包公司），分包单位需为其招用的农民工办理工伤保险。但实践中，总承包单位通常需在分包合同中明确分包单位的工伤保险缴纳义务，并监督其落实。若分包单位未缴纳，总承包单位可能因未尽监督义务而承担连带责任。

4. 特殊情形下的责任划分

• 转包或违法分包：若总承包单位将工程转包或分包给不具备资质的单位，导致农民工未参保，总承包单位需直接承担工伤保险责任。
  
• 个人挂靠施工：若个人挂靠施工企业承揽工程，被挂靠企业需为挂靠项目下的农民工办理工伤保险，否则可能面临行政处罚及工伤赔偿风险。

实务建议：

• 总承包单位应在项目开工前，核对分包单位资质，并要求其提供农民工工伤保险参保证明。
  
• 若发现分包单位未参保，总承包单位应代为缴纳，并在工程款中扣除相应费用，以规避法律风险。
  
• 农民工若遭遇工伤，可向当地社保部门申请工伤认定，并要求总承包单位或分包单位承担赔偿责任。

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