结论：在判决书已查明劳动事实，但公司以超过诉讼时效进行抗辩的情况下，能否追缴社保需分情况讨论，具体如下：

1. 社保追缴与诉讼时效的适用性
   根据《社会保险法》及《社会保险费征缴暂行条例》，社保追缴属于行政征收范畴，其性质是行政机关对用人单位未依法缴纳社保费的强制追缴行为，而非平等主体间的民事争议。因此，社保追缴不适用民事诉讼时效制度，行政机关有权对用人单位欠缴的社保费进行无限期追缴。即使公司提出诉讼时效抗辩，也不影响社保征收机构依法追缴社保费。

2. 劳动仲裁或诉讼中社保主张的时效限制
   若劳动者通过劳动仲裁或民事诉讼主张社保相关权益（如要求公司赔偿未缴纳社保的损失），则可能受《劳动争议调解仲裁法》规定的1年仲裁时效限制。但需注意：

   • 时效起算点：从劳动者知道或应当知道权益受损之日起计算，例如离职时发现公司未缴纳社保。
     
   • 时效中断与延长：若劳动者在时效期间内向公司主张权利、向有关部门请求权利救济，或公司同意履行义务，时效可中断并重新计算。
     
   • 例外情形：若劳动者在职期间因公司原因无法主张权利（如被胁迫、欺诈），时效可能从障碍消除之日起计算。
     若公司以超过仲裁时效抗辩，且劳动者无法证明时效中断或延长，其通过仲裁或诉讼主张社保赔偿的请求可能被驳回。但此情形不影响社保征收机构直接追缴社保费。

3. 判决书查明劳动事实的作用
   若判决书已确认劳动者与公司存在劳动关系及未缴纳社保的事实，该判决可作为社保征收机构追缴社保费的依据。即使公司抗辩诉讼时效，社保征收机构仍可依据判决认定的事实，要求公司补缴社保费及滞纳金。

建议：

• 若您希望追缴社保费，可向当地社保征收机构（如税务局或社保局）投诉，由其依法追缴，不受诉讼时效限制。
  
• 若您主张公司赔偿未缴纳社保的损失（如无法享受社保待遇的损失），需注意仲裁时效限制，并收集时效中断或延长的证据（如沟通记录、投诉材料等）。
  
• 如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情为您提供详细解答。