针对您提出的“有房产证但是被他人侵占房屋，民事诉讼案由是什么”的问题，结论前置如下：
- 主要案由：此类情况通常可以确定为返还原物纠纷或排除妨害纠纷。
详细分析如下：
一、返还原物纠纷
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第二百三十五条：“无权占有不动产或者动产的，权利人可以请求返还原物。” 在您的情况下，您拥有房产证，即对该房屋享有合法的所有权，他人无权占有，因此您有权要求侵占者返还房屋。
- 适用情形：当侵占者明确且持续占有您的房屋，且您能够证明自己是房屋的合法所有者时，选择返还原物纠纷作为案由是合适的。
二、排除妨害纠纷
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第二百三十六条：“妨害物权或者可能妨害物权的，权利人可以请求排除妨害或者消除危险。” 如果侵占者的行为不仅占有了房屋，还对您正常使用房屋造成了妨害（如破坏房屋结构、阻止您进入等），则您可以选择排除妨害纠纷作为案由。
- 适用情形：当侵占者的行为不仅限于占有，还对您造成了实际的使用障碍或潜在的危险时，排除妨害纠纷能够更全面地保护您的权益。
三、实际操作建议
- 收集证据：在提起诉讼前，您需要收集充分的证据来证明您是房屋的合法所有者（如房产证、购房合同等）以及侵占者的事实（如侵占者的身份信息、侵占行为的具体表现、侵占时间等）。
- 咨询律师：虽然我已经给出了基本的法律建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在提起诉讼前，建议您咨询一位专业的房产律师，以便更准确地确定案由和制定诉讼策略。
- 提起诉讼：在准备好所有必要的证据和材料后，您可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求侵占者返还房屋或排除妨害。
最后，房产纠纷往往涉及复杂的法律关系和大量的证据收集工作。如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况提供更详细、更专业的法律建议。