结论前置：即使他人拥有不动产证，如果其占有该不动产的行为侵犯了你的合法权益，仍然可能构成侵占。且这种侵占行为并不因时间的推移（如三年后）而自动丧失可诉性，你仍有权提起诉讼以维护自己的权益。
详细分析：
侵占的构成：
- 侵占是指行为人以非法占有为目的，将他人的交给自己保管的财物、遗忘物或者埋藏物非法占为己有，数额较大，拒不交还的行为。在房产领域，如果某人未经你的同意或授权，擅自占有你拥有合法权益的房产，即使其持有不动产证，也可能构成侵占。
不动产证与侵占的关系：
- 不动产证是证明房产归属的重要法律文件，但它并不是判断侵占行为的唯一依据。即使某人持有不动产证，但如果其占有房产的行为侵犯了你的合法权益（如你通过合法途径购买了该房产，但尚未办理过户手续；或者你是该房产的共有人，但对方未经你同意擅自占有等），你仍然有权主张其构成侵占。
诉讼时效的问题：
- 在我国，民事诉讼的时效期间一般为三年。但这并不意味着三年后你就不能提起诉讼了。如果在这三年内你一直在积极主张自己的权益，或者存在其他导致诉讼时效中止、中断的情形（如你曾向法院提起诉讼但因故未能立案等），那么诉讼时效可能会相应延长。此外，如果侵占行为持续存在且你一直未放弃主张权益，那么即使在三年后你仍然有权提起诉讼。
法律建议：
- 如果你认为自己的房产被他人非法占有且构成了侵占行为，建议你及时收集相关证据（如房产证、购房合同、占有证明等），并咨询专业律师以了解具体的法律程序和维权途径。我可以为你提供详细的法律咨询和指导。
综上所述，即使他人拥有不动产证且时间已经过了三年，如果你认为其占有你的房产构成了侵占行为且你的权益受到了侵犯，你仍然有权提起诉讼以维护自己的合法权益。