结论：自建房不动产权证有争议，三十年才知道，是否还可以诉讼需分情况讨论，但通常情况下，若超过最长诉讼时效期间，则可能丧失胜诉权；不过，若存在诉讼时效中断、中止等情形，则可能仍可诉讼。

分析如下：

1. 诉讼时效的一般规定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
   • 在自建房不动产权证争议的情境中，若权利人自知道或应当知道权利受损之日起超过三年未提起诉讼，且不存在诉讼时效中断、中止等情形，则可能因超过诉讼时效而丧失胜诉权。但若自权利受损之日起已超过二十年，则无论权利人是否知道，人民法院通常将不予保护，除非存在特殊情况并经法院决定延长。

2. 诉讼时效的中断与中止：

   • 诉讼时效中断：根据《中华人民共和国民法典》第一百九十五条，有下列情形之一的，诉讼时效中断，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算：（一）权利人向义务人提出履行请求；（二）义务人同意履行义务；（三）权利人提起诉讼或者申请仲裁；（四）与提起诉讼或者申请仲裁具有同等效力的其他情形。若存在上述情形之一，则诉讼时效将重新计算，权利人仍有可能在重新计算的诉讼时效期间内提起诉讼。
   • 诉讼时效中止：根据《中华人民共和国民法典》第一百九十四条，在诉讼时效期间的最后六个月内，因下列障碍，不能行使请求权的，诉讼时效中止：（一）不可抗力；（二）无民事行为能力人或者限制民事行为能力人没有法定代理人，或者法定代理人死亡、丧失民事行为能力、丧失代理权；（三）继承开始后未确定继承人或者遗产管理人；（四）权利人被义务人或者其他人控制；（五）其他导致权利人不能行使请求权的障碍。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。若存在上述情形之一，且发生在诉讼时效期间的最后六个月内，则诉讼时效将中止，待中止原因消除后继续计算剩余时效。

3. 针对您的情况的建议：

   • 收集证据：首先，您需要收集与自建房不动产权证争议相关的所有证据，包括但不限于建房手续、产权证明、争议发生的时间、地点、原因等。
   • 咨询专业律师：由于诉讼时效问题涉及复杂的法律判断和证据收集，建议您咨询专业律师，以便更准确地评估您的案件情况和诉讼前景。
   • 考虑诉讼或和解：根据律师的建议和您的实际情况，您可以考虑提起诉讼以维护自己的权益，或者与对方进行和解以达成双方都能接受的解决方案。

后续行动建议：若您决定提起诉讼，请务必在诉讼时效期间内（考虑中断、中止等情形）向人民法院提起诉讼，并准备好相关证据和材料。若您对诉讼过程或法律条款有任何疑问，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律意见和帮助。