离职两年后发现单位未按实际工资缴纳社保，劳动仲裁时效的起算时间需分情况讨论，具体如下：
若以单位未足额缴纳社保为由主张补缴社保费用：
- 根据《劳动保障监察条例》第二十条，违反劳动保障法律、法规或者规章的行为在2年内未被劳动保障行政部门发现，也未被举报、投诉的，劳动保障行政部门不再查处。但此处的“2年”起算点，是从违法行为发生之日起计算；若违法行为有连续或者继续状态的，则从行为终了之日起计算。
- 在单位未按实际工资缴纳社保的情况下，该违法行为通常具有连续性，即从单位开始未足额缴纳社保之日起，至你离职之日止，这一期间内单位的行为均构成违法。因此，若你离职后两年内发现该问题，仍可向劳动保障行政部门投诉，要求单位补缴社保费用，此时并未超过时效。但需注意，若离职已超过两年，且在此期间你未向相关部门投诉或举报，则可能因超过时效而无法再要求补缴。
若以单位未足额缴纳社保为由主张经济补偿或赔偿：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
- 在你离职两年后才发现单位未按实际工资缴纳社保的情况下，若你主张因单位未足额缴纳社保而给你造成了经济损失（如无法享受应有的社保待遇等），并要求单位进行经济补偿或赔偿，则此时仲裁时效的起算点应为你知道或应当知道权利被侵害之日，即你发现单位未按实际工资缴纳社保之日。但由于你已离职两年，很可能已超过一年的仲裁时效期间，因此可能无法获得仲裁支持。不过，若存在时效中断或中止的情形（如你曾向单位提出过异议、向相关部门投诉过等），则时效可能重新计算或暂停计算。
总结与建议：
- 若你主要关注的是补缴社保费用，且离职未超过两年，建议尽快向劳动保障行政部门投诉，要求单位补缴社保费用。
- 若你主要关注的是因单位未足额缴纳社保而造成的经济损失赔偿，且离职已超过一年，则可能因超过仲裁时效而无法获得支持。但你可以尝试与单位协商解决，或咨询专业律师以了解是否有其他法律途径可走。
- 在处理此类问题时，建议保留好相关证据（如工资条、社保缴纳记录等），以便在需要时证明自己的主张。
如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。