结论：管理者私拿作废快递被辞退是否有赔偿，需根据具体情况判断。若该行为严重违反公司规章制度或法律法规，公司辞退可能无需支付赔偿；若公司辞退行为不合法，则管理者有权要求赔偿。
分析说明：
公司规章制度与劳动合同的约定：
- 规章制度合法性：公司规章制度需经过民主程序制定，且内容不违反法律法规，同时需向劳动者公示或告知。若管理者私拿作废快递的行为严重违反了公司合法有效的规章制度，公司有权依据规章制度辞退管理者，且无需支付赔偿。
- 劳动合同约定：若劳动合同中明确约定了员工不得私拿公司财物，包括作废快递等，且该约定不违反法律法规，管理者违反此约定，公司同样有权辞退且无需赔偿。
行为的性质与后果：
- 行为性质：私拿作废快递，若涉及金额较小，可能仅构成一般违纪行为；但若涉及金额较大，或存在多次私拿、利用职务之便等情节，可能构成职务侵占、贪污等违法行为。
- 后果严重性：若管理者行为后果严重，如给公司造成重大损失，或影响公司声誉等，公司辞退管理者可能更为合理，且无需支付赔偿。
公司辞退程序的合法性：
- 辞退程序：公司辞退管理者需遵循法定程序，如提前通知、听取管理者陈述申辩、出具书面辞退通知等。若公司未遵循法定程序辞退管理者，即使管理者存在违纪行为，公司也可能需支付赔偿。
- 证据充分性：公司辞退管理者需有充分证据证明管理者存在违纪行为。若证据不足或存在瑕疵，公司辞退行为可能被认定为违法，需支付赔偿。
特殊场景：
- 若管理者行为不构成严重违纪或违法：公司辞退管理者可能缺乏合法依据，管理者有权要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金。赔偿金标准通常为经济补偿金的两倍，经济补偿金按管理者在公司工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准计算。
行动建议：
- 管理者角度：若认为公司辞退行为不合法，可收集相关证据，如劳动合同、公司规章制度、辞退通知等，向劳动仲裁机构申请仲裁，要求公司支付赔偿金。
- 公司角度：在辞退管理者前，应确保规章制度合法有效，且辞退程序合法合规。同时，应收集充分证据证明管理者存在违纪行为，以避免支付不必要的赔偿。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条：劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：……（二）严重违反用人单位的规章制度的；……（六）被依法追究刑事责任的。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第八十七条：用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。