针对您提出的“虚开运输发票罪处理流程”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
虚开运输发票是一种严重的违反税收法规的行为，其处理流程及法律后果主要依据情节的轻重来判定，具体可分为行政责任和刑事责任两大方面。
一、行政责任处理流程
税务调查与取证：
- 税务机关在发现或接到举报虚开运输发票的线索后，会启动调查程序，收集相关证据，包括发票的开具情况、资金流向、业务真实性等。
行政处罚决定：
- 根据调查结果，税务机关将依据《中华人民共和国发票管理办法》等相关规定，对虚开发票的行为作出行政处罚决定。
- 处罚措施通常包括没收违法所得，并根据虚开金额的大小处以罚款。具体标准为：虚开金额在1万元以下的，可并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，将并处5万元以上50万元以下的罚款。
执行与监督：
- 税务机关将监督处罚决定的执行情况，确保罚款等处罚措施得到落实。
- 同时，税务机关还可能采取停止供应发票、要求限期改正等行政措施，以进一步规范企业的发票管理行为。
二、刑事责任处理流程
刑事立案与侦查：
- 若虚开运输发票的行为涉嫌犯罪，税务机关将依法将案件移送公安机关，由公安机关进行刑事立案侦查。
- 公安机关将收集证据，查明犯罪事实，并依法对犯罪嫌疑人采取强制措施。
审查起诉与审判：
- 侦查终结后，公安机关将案件移送检察机关审查起诉。
- 检察机关将审查案件证据，决定是否提起公诉。若决定提起公诉，案件将进入审判阶段。
- 法院将依法审理案件，根据犯罪情节和法律规定作出判决。
量刑标准与执行：
- 若虚开的是增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款发票，且虚开税款数额达到一定标准，将构成“虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款发票罪”。量刑标准根据虚开税款数额的大小和情节严重程度而定，从三年以下有期徒刑或拘役到十年以上有期徒刑或无期徒刑不等，并处相应罚金或没收财产。
- 若虚开的是除上述特定发票外的其他发票（如普通运输发票），且情节严重，将构成“虚开发票罪”。处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节特别严重的，处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
- 对于单位犯罪，将对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法进行处罚。
三、法律建议与预防措施
- 鉴于虚开运输发票的严重后果，企业和个人应严格遵守税收法规，避免任何形式的虚开发票行为。
- 企业应加强内部管理，提高员工的法律意识，确保所有发票的真实性和合法性。
- 如发现虚开发票行为，应立即向税务机关报告并配合调查处理，以降低潜在的法律风险和损失。
综上所述，虚开运输发票的处理流程涉及行政责任和刑事责任两大方面，具体流程包括税务调查、行政处罚、刑事立案侦查、审查起诉、审判和执行等环节。因此，务必引起高度重视并严格遵守相关法律法规。