结论前置：请年假扣全勤是否合理，需分情况讨论。一般情况下，员工在依法休年假期间，应享受与正常工作期间相同的工资收入及福利待遇，包括全勤奖，因此不应被扣除全勤奖。但具体是否扣除，还需依据单位规章制度及劳动合同内容来确定。
法律层面分析
年假的法定性质：
- 根据《职工带薪年休假条例》第二条，职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假，并在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这表明，年假是法律赋予劳动者的合法权益，单位不得因员工依法休年假而降低其工资待遇或扣除全勤奖。
全勤奖的性质与年假的认定：
- 全勤奖是单位为激励员工工作积极性和效率而设置的奖惩制度，旨在鼓励员工在正常工作日内不无故缺勤、迟到、早退。
- 年假作为劳动者依法享有的假期，其申请和休假过程均遵循公司规定的流程，并经过批准。因此，年假与无故缺勤等违反出勤纪律的行为有本质区别，不应被纳入影响全勤奖评定的范畴。
单位规定与劳动合同的作用
单位规章制度的合法性：
- 单位可以依法制定规章制度，规定全勤奖金的发放条件。然而，这些规定必须合法有效，且不得违反法律法规的强制性规定。
- 如果单位规章制度中明确规定休年休假会扣除全勤奖，并且这些规定已经明确告知劳动者，同时不违反法律法规的强制性规定，那么这些规定对劳动者具有约束力。但此类规定可能存在争议，有可能被认定为限制劳动者合法权益而无效。
劳动合同的约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定休年休假会扣除全勤奖，且该约定合法有效，那么用人单位有权按照约定执行。
实际操作建议
查看公司规定与劳动合同：
- 员工在请年假前，应仔细查看公司的员工手册、规章制度以及劳动合同中关于全勤奖金和年休假的相关规定，以明确自己的权益和义务。
与单位沟通协商：
- 如果单位规定或劳动合同中存在不明确或不合理之处，员工应与人力资源部门或相关负责人进行沟通协商，寻求合理的解决方案。
维护自身权益：
- 若单位因员工休年休假而扣除全勤奖，且该做法违反法律法规或劳动合同约定，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
特殊情况处理
- 如果单位规章制度或劳动合同中确实存在休年休假会扣除全勤奖的规定，且该规定合法有效，那么员工在请年假前应做好心理准备，并考虑是否接受这一条件。如果员工认为该规定不合理或违法，可以及时提出异议并寻求法律援助。
综上所述，请年假扣全勤是否合理需分情况讨论。在一般情况下，员工在依法休年假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入及福利待遇，包括全勤奖。然而，如果单位有合法有效的规定或合同约定休年休假会扣除全勤奖，则用人单位有权按照规定执行。因此，员工在请年休假前应仔细了解相关规定和约定，以避免不必要的纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。