结论前置：员工在依法休年假期间，应享受与正常工作期间相同的工资收入及福利待遇，包括全勤奖，用人单位不应因员工休年假而扣除全勤奖。以下从多个角度进行详细分析：
法律依据与规定
《职工带薪年休假条例》的明确规定：
- 根据《职工带薪年休假条例》第二条，职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假，并在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这一规定直接明确了员工在休年假期间应享有的工资待遇，包括与正常工作期间相同的工资收入，自然也应涵盖全勤奖等福利待遇。
全勤奖的性质与年假的对比：
- 全勤奖是企业为激励员工出满勤而设立的奖励，其目的在于鼓励员工在正常工作日内不无故缺勤、迟到、早退。而年假是法律赋予劳动者的休息休假权，是劳动者的重要权益。员工休年假是行使法定权利，并非无故缺勤，因此不应被视为违反全勤条件，从而不应被扣除全勤奖。
特殊情况与争议处理
用人单位规章制度的特殊性：
- 若用人单位规章制度明确规定年休假不属于全勤范畴，并经过民主程序制定，内容不违反法律法规，且已向劳动者公示或告知，该规章制度对劳动者具有约束力。然而，此类规定可能存在争议，因为年假是法定权利，用人单位不得通过规章制度限制或剥夺。在实际操作中，此类规定有可能被认定为限制劳动者合法权益而无效。因此，用人单位在制定相关规章制度时应谨慎对待，充分考虑员工权益，避免引发纠纷。
争议解决途径：
- 如用人单位因员工休年假而扣全勤奖，员工首先应与用人单位协商，要求其按法律规定和合理制度执行，补发全勤奖。协商不成时，员工可向当地劳动监察部门投诉举报，或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
实际操作建议
员工方面：
- 员工在休年假前，应了解自己的年假权益和用人单位的相关规章制度，确保自己的权益不受侵害。如遇到因休年假而被扣除全勤奖的情况，应依法维权，通过沟通协商、投诉举报或劳动仲裁等途径保护自己的合法权益。
用人单位方面：
- 用人单位应遵守劳动法规定，保障员工的合法权益不受侵害。在制定规章制度时，应充分考虑员工权益，避免制定限制或剥夺员工法定权利的条款。同时，用人单位应加强与员工的沟通，确保员工了解自己的权益和用人单位的规章制度，减少因信息不对称而引发的纠纷。
总结：员工在休年假期间应享受与正常工作期间相同的待遇和福利，包括全勤奖等奖励制度。用人单位应遵守劳动法规定，保障员工的合法权益不受侵害。如遇到因休年假而被扣除全勤奖的情况，员工应依法维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。