结论前置：在符合公司章程和相关法律法规的前提下，持有公司90%股份的大股东通常有能力更换公司的法定代表人。但这一过程必须严格遵循法定程序和公司章程的具体规定，并考虑可能的特殊情况限制。
一、法律基础与权力来源
根据《中华人民共和国公司法》的规定，股东会会议由股东按照出资比例行使表决权。对于公司内部治理事项，如更换法定代表人，一般只需普通决议通过即可。由于90%的持股比例远超三分之二的要求（对于需特别决议的事项，如修改公司章程等），因此，从法律层面来看，90%的大股东具备更换法定代表人的权力基础。
二、更换法定代表人的具体流程
召开股东会：
- 大股东可以提议召开临时股东会，并按照公司章程的规定通知其他股东。
- 在会议上，提出更换法定代表人的议案并进行表决。由于大股东占有90%的股份，通常能在表决中通过该议案。
形成决议：
- 股东会表决通过后，需要形成正式的股东会决议，这是办理法定代表人变更登记的重要文件之一。
修改公司章程（如需）：
- 如果公司章程中对法定代表人的相关内容有规定，应根据股东会决议对公司章程进行相应修改。
办理变更登记：
- 公司需向公司登记机关（通常是市场监督管理局）提交相关文件，包括变更登记申请书、股东会决议、新法人的身份证明等，申请法定代表人的变更登记。
三、特殊情况下的限制
尽管大股东持股比例高，但在某些特殊情况下，更换法定代表人可能受到限制：
章程特殊约定：
- 公司章程可能对更换法定代表人设置了更为严格的条件，如必须经全体股东一致同意。在这种情况下，即便大股东持有90%的股份，也不能仅凭自身意志更换法定代表人。
法定代表人合法权益保护：
- 如果法定代表人依据与公司签订的协议享有相应权益，更换法定代表人可能涉及违约等法律问题。此时，需妥善处理相关权益纠纷，确保变更过程不会损害法定代表人的合法权益。
四、法律建议与风险提示
严格遵守法定程序：
- 在更换法定代表人的过程中，必须严格遵守《中华人民共和国公司法》、《中华人民共和国公司登记管理条例》等相关法律法规的规定，确保整个过程的合法性和合规性。
保护公司利益与声誉：
- 确保变更过程不会损害公司的利益和声誉，避免给公司带来不必要的法律风险和经济损失。
内部沟通与协调：
- 在变更前应与公司内部各部门进行充分沟通，确保变更工作的顺利进行。同时，及时通知合作伙伴、客户、供应商等相关方关于法定代表人变更的信息，以确保业务的正常进行。
咨询专业法律意见：
- 由于更换法定代表人涉及复杂的法律程序和潜在的法律风险，建议在实际操作前向我咨询，我可以提供专业的法律意见和指导，帮助确保整个过程的合法性和合规性。
综上所述，90%的大股东在大多数情况下都有能力推动更换法定代表人的进程，但必须严格遵循公司章程和相关法律法规的规定，并考虑可能的特殊情况限制。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。