结论：股东持有90%的股权，并不意味着可以直接不经过法人（通常指法定代表人）同意就改变法人。法人的变更需要遵循公司章程和法律法规的规定，通常需要经过一定的程序，包括但不限于股东会或董事会的决议。
详细分析：
公司章程的规定：
- 公司章程是公司的“宪法”，它规定了公司的基本制度和运营规则，包括法人的选举和更换程序。
- 如果公司章程中明确规定了法人的变更需要经过特定程序（如股东会或董事会的决议），并且没有赋予大股东单独决定法人变更的权力，那么即使股东持有90%的股权，也不能直接改变法人。
法律法规的约束：
- 根据《中华人民共和国公司法》等相关法律法规，法人的变更通常需要经过公司内部的决策程序，并可能需要向工商行政管理部门进行变更登记。
- 这些法律法规旨在保护公司、股东、债权人等各方的利益，确保公司运营的稳定性和合法性。
股东会或董事会的决议：
- 在大多数情况下，法人的变更需要经过股东会或董事会的决议。这意味着，即使某个股东持有大量股权，也不能单独决定法人的变更，而需要与其他股东或董事共同协商并达成一致。
- 如果股东会或董事会无法就法人变更达成一致，可能需要通过法律途径解决争议。
特殊情况下的处理：
- 在某些特殊情况下，如公司陷入僵局或法人严重违反法律法规或公司章程时，可能可以通过法律程序强制变更法人。但这种情况需要满足严格的法律条件，并经过法院的裁决。
法律建议：
- 如果您是持有90%股权的股东，并希望变更法人，建议您首先查阅公司章程，了解法人变更的具体程序和要求。
- 然后，与其他股东或董事进行沟通协商，争取达成一致意见，并按照公司章程和法律法规的规定进行法人变更。
- 如果无法达成一致意见，或者遇到其他法律问题，建议您及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的权益。
可能后果：
- 如果未经合法程序擅自变更法人，可能会引发公司内部的纠纷和法律诉讼，对公司的运营和声誉造成负面影响。
- 同时，擅自变更法人的行为也可能违反法律法规，面临行政处罚或刑事责任的风险。
因此，股东在希望变更法人时，必须遵循公司章程和法律法规的规定，通过合法程序进行变更。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。